mega-simple-microhap-snakeflow

巨型-简单-微hap-snakeflow 该存储库保存了Snakefile和相关文件，这是Eric在为我们的微单倍型创建基于SnakeMake的工作流时的首次尝试（仍在构建中！）。 前进的道路 好的，经过大量的思考和尝试，这就是我要这样做的方式： 所有输入数据都将放在一个目录中，其中包含以下项目： samples.csv ：样本列表 units.csv ：单位文件。 raw/ ：完整的配对的fastq文件的目录。 在配置文件中（或更可能在命令行中），我们指定此目录的路径（相对或绝对），将其称为run_dir 。 实际上，如果我们希望run_dir可以是列表，则可以允许它。在这种情况下，工作流将在多个目录上运行。实际上，那将是一个巨大的PITA，所以我不会那样做… 但是，我认为我将在工作流程中将run_dir指定为通配符，因为否则，我必须在一堆路径上重复使用format方法... sa