没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
finch-rs:Rust中的基因组minhashing实现
共38个文件
rs:19个
md:3个
toml:3个
需积分: 5 0 下载量 135 浏览量
2021-05-26
11:48:39
上传
评论
收藏 120KB ZIP 举报
温馨提示
雀科 Finch是针对基因组数据的最低限度独立置换排列局部敏感哈希(“ MinHashing”)的实现。 该存储库提供了一个库和命令行界面,可在中重新实现One Codex(并添加新功能/扩展!)。 入门 安装 您可以从源代码构建Finch,这需要Rust> = 1.43 。 Rust的Cargo包裹管理器(请参阅以获得Cargo的安装说明)可以自动使用cargo install finch_cli来构建和安装Finch。 如果需要python绑定,则必须采取额外的步骤(请参阅 )。 或者,。 用法示例 首先,我们首先为几个FASTA或FASTQ文件计算草图。 这些草图是基础基因组数据的紧凑,采样表示形式,它们使finch能够快速估计数据集之间的距离。 草绘文件使用finch sketch命令: finch sketch example.fastq example2.fastq 然后
资源推荐
资源详情
资源评论
收起资源包目录
finch-rs-master.zip (38个子文件)
finch-rs-master
.dockerignore 16B
Cargo.toml 48B
paper
paper.bib 3KB
generate_figures.ipy 5KB
depth_distance.png 48KB
paper.md 4KB
codemeta.json 838B
.github
workflows
ci.yml 2KB
LICENSE.txt 1KB
Cargo.lock 28KB
Dockerfile 809B
lib
Cargo.toml 1KB
src
serialization
mod.rs 9KB
mash_capnp.rs 43KB
mash.rs 5KB
finch.capnp 1KB
mash.capnp 4KB
finch_capnp.rs 37KB
json.rs 8KB
distance.rs 12KB
python.rs 23KB
filtering.rs 14KB
statistics.rs 3KB
sketch_schemes
scaled.rs 7KB
mod.rs 6KB
counts.rs 2KB
mash.rs 5KB
hashing.rs 1KB
errors.rs 1KB
lib.rs 4KB
cli
Cargo.toml 703B
src
main.rs 15KB
cli.rs 12KB
tests
test_cli.rs 3KB
data
query.fa 417B
README.md 17KB
CODE_OF_CONDUCT.md 3KB
.gitignore 102B
共 38 条
- 1
资源评论
简内特
- 粉丝: 30
- 资源: 4714
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功