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PyCFMID:此软件包是CFM-ID的python warpper
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2021-02-10
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PyCFMID 该软件包是用于的Python软件包,它提供了一种方法,该方法可准确有效地识别电喷雾串联质谱(ESI-MS / MS)生成的光谱中的代谢物。 该程序使用竞争性碎片建模为MS / MS碎片过程和机器学习技术生成概率生成模型,以根据数据调整模型参数。 注意 这不是官方包装器。 由于Linux中的编译错误(问题1),当前仅支持Windows平台。 CFM-ID版本为2.4,可从下载。 CFM-ID 3.x版本仅在Web服务器可用。 安装 pip install git+git://github.com/hcji/PyCFMID@master 用法 fraggraph_gen 该程序可为输入分子生成完整的碎片图或可行片段列表。 它会系统性地破坏分子内的键,并按照上述出版物的2.1.1节中所述检查有效的所得片段。 from PyCFMID.PyCFMID import fragg
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PyCFMID-master.zip (26个子文件)
PyCFMID-master
MANIFEST.in 217B
.travis.yml 182B
Test
test.py 406B
ReadMe.md 8KB
requirements.txt 61B
setup.py 598B
.gitignore 1KB
PyCFMID
esi_config.log 1.41MB
esi_config.txt 278B
esi_config_neg.txt 318B
esi_config_neg.log 1.36MB
ei_config.log 231KB
Windows
cfm-train.exe 2.04MB
README.txt 6KB
lpsolve55.dll 380KB
license.txt 26KB
ISOTOPE.DAT 6KB
cfm-annotate.exe 1.87MB
compute-stats.exe 1.56MB
cfm-predict.exe 1.87MB
cfm-id-precomputed.exe 750KB
cfm-id.exe 1.87MB
fraggraph-gen.exe 1.78MB
PyCFMID.py 10KB
__init__.py 0B
ei_config.txt 540B
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李川雨
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