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core:生物信息学核心活动的通用代码
共107个文件
nf:25个
config:15个
md:10个
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2021-05-06
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NIBSC生物信息学核心管道 在此存储库中,您可以找到NIBSC Bioinformatics Core使用/开发的用于我们提供给研究所不同研究小组的分析的所有代码。 执行脚本 在每个工作流程下,您将找到更详细的特定于管道的说明。 作为一般原则,我们的GitHub存储库应克隆到〜/ CODE /下。 (即位于用户目录下名为CODE的文件夹):这将确保您可以完全独立于用户在云或HPC环境中以本地相同的方式运行代码。
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core:生物信息学核心活动的通用代码 (107个子文件)
cohort.config 1KB
case.config 1KB
gatk.config 754B
nextflow.config 565B
nextflow.config 361B
scRNA.config 205B
nf-singularity.config 200B
humann2_nextflow.config 169B
umi_nextflow.config 28B
nextflow.config 28B
nextflow.config 27B
nextflow.config 27B
nextflow.config 27B
nextflow.config 27B
nextflow.config 27B
nibsc_report.css 423B
scRNA.def 2KB
scRNA_image.def 2KB
biobakery_singularity.def 2KB
basic_image.def 775B
analyse_filtered.html 3.76MB
analyse_unfiltered.html 3.13MB
aggregate_example.html 616KB
muscle_alignment.job 1KB
salmon_index.job 740B
submit_umi_nextflow.job 540B
submit_humann_analysis.job 462B
run_nextflow_scRNA.job 457B
resume_nextflow_humann2.job 441B
run_nextflow_humann2.job 431B
submit_nextflow_qc.job 373B
impulse.job 288B
README.md 3KB
README.md 3KB
README.md 3KB
README.md 3KB
README.md 2KB
README.md 2KB
README.md 2KB
README.md 1KB
README.md 1KB
README.md 584B
GATK_CNV_COHORT.nf 17KB
gatk.nf 16KB
GATK_CNV_CASE.nf 10KB
build_pon.nf 9KB
umi_preprocess.nf 8KB
cutlo.nf 7KB
scrna_short.nf 7KB
influenza_classifier.nf 7KB
example_workflow_singularity.nf 7KB
nonunique.nf 7KB
tophtseq.nf 7KB
cutkraken.nf 6KB
humann2_functional.nf 5KB
cutloamplicon.nf 5KB
cutcnv.nf 5KB
cutloforward.nf 4KB
initial-QC.nf 4KB
general_qc.nf 4KB
notrimlofreq.nf 4KB
cutvelvet.nf 3KB
cutoptimiser.nf 3KB
trimonly.nf 2KB
groupcall.nf 1KB
test_fl_main.nf 1KB
test_collect.nf 741B
schematic.png 106KB
schematic.png 47KB
schematic.png 25KB
logger.py 4KB
rnaseq-novo-part2.py 3KB
rnaseq-novo-part1.py 2KB
loopkraken.py 2KB
rnaseq-novo-part3.py 2KB
tablefromvcf.py 2KB
crudefilter.py 1KB
filtervcf.py 562B
time_course_workflow.R 16KB
time_course_workflow_single_condition.R 9KB
useful_functions.R 4KB
enrichment_hyper.R 2KB
dotplotEnrichment.R 1KB
impulse.R 1KB
ena_custom_search.R 513B
report_run_influenza-report.R 274B
geneSymbols_coordinates_biomart.RDS 884KB
analyse_filtered.Rmd 5KB
analyse_unfiltered.Rmd 3KB
report_loop_table.Rmd 1KB
report_influenza_main.Rmd 1KB
aggregate.Rmd 1KB
markdown_notes_template.Rmd 1009B
MSC_count.sh 3KB
dobcl2fastq.sh 2KB
doindex.sh 1KB
dokraken.sh 883B
nextwatcher.sh 619B
runcutadapt.sh 551B
runTrinity.sh 372B
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Hsmiau
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