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qapa:替代多腺苷酸化的RNA序列定量
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2021-05-26
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替代聚腺苷酸化(QAPA)的RNA序列定量 从RNA序列数据(人和小鼠)分析替代聚腺苷酸化(APA)。 QAPA包含两个主要组件: 从基因模型中提取和注释3'UTR序列 基于转录水平丰度计算替代性3'UTR同工型的相对使用量。 请注意,QAPA本身不执行转录本量化。 它依赖于和等其他工具。 安装 QAPA由Python(3.5+)和R脚本组成。 安装以下必备软件: 。 注意:不要使用2.26.0稳定版本,因为groupBy工具存在。 克隆QAPA的最新开发版本并更改目录: git clone https://github.com/morrislab/qapa.git cd qapa 或者,下载最新并解压缩tarball: tar -xzvf qapa-1.2.0.tar.gz cd qapa-1.2.0 安装R软件包optparse,dplyr,data.table和
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qapa-master.zip (41个子文件)
qapa-master
MANIFEST.in 53B
scripts
install_packages.R 821B
make_biomart_db 1KB
compute_pau.R 7KB
find_sites.py 4KB
create_merged_data.R 9KB
examples
mm10
gencode.sample.txt 2KB
ensembl.identifiers.txt.gz 1.06MB
hg19
gencode.sample.txt 3KB
ensembl.identifiers.txt.gz 1.66MB
LICENSE 34KB
setup.py 2KB
README.md 10KB
qapa
qapa.py 14KB
annotate.py 9KB
__init__.py 0B
collapse.py 5KB
extend.py 5KB
version.py 22B
extract.py 7KB
fasta.py 1KB
tests
run_R_tests.R 675B
R
test_apa_id.R 696B
test_get_first_sample_ix.R 908B
test_format_multi_ensembl_ids.R 3KB
test_separate_ensembl_field.R 2KB
run_py_tests.sh 79B
python
test_fasta.py 641B
test_annotate.py 3KB
test_qapa.py 3KB
test_row.py 4KB
test_extend.py 3KB
test_collapse.py 1KB
files
test_genepred_nohash.txt 988B
test_ensembl.txt 442B
gencode.polya.example.bed 392B
test_genepred.txt 989B
test.fa 2KB
polyasite_v2.example.bed 1KB
polyasite_v1.example.bed 727B
test_genepred_custom.txt 672B
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PaytonSun
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