TandemDuplications

串联重复 该工具使用INSERT_REFERENCE_HERE中描述的方法查找域的串联重复项。我们以一棵基因树和一个物种树为输入，并以现有序列上域的相对顺序作为输入，并输出一列串联重复序列。以下是有关如何安装依赖项，测试代码以及​​运行您自己的示例的说明。 设置 该工具使用Python 2.7+运行，并且需要安装ete3 Tree软件包和gurobi ILP解算器。可以使用pip或easyinstall下载ete3 Tree软件包： pip install --upgrade ete3或者easy_install -U ete3 有关完整说明，请参见 我们使用Gurobi的python API作为我们的ILP求解器。将来，我们希望也增加对FOSS ILP求解器的支持。但是，Gurobi可免费用于学术目的。有关完整说明，请参。简要地说，设置过程需要3个步骤： 从页面下载Gurobi Opt