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ExonFinder:提取新型盒式外显子/保留内含子的管道-开源
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2021-04-29
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共72个文件
awk:29个
sh:13个
c:10个
ExonFinder提供了一个途径,可以通过通过blat将跨物种EST映射到目标基因组的结果来提取新颖的盒式外显子和新颖的内含子。
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exonfinder_v2.0.tar.gz (72个子文件)
Sample_files_description.txt 324B
sh_scripts
Advanced_analysis.sh 3KB
NE-Extractor.sh 4KB
BlatToAnnotatedBlocks.sh 2KB
Init_ENSTs.sh 5KB
Init_Genome.sh 1KB
CodingCheck.sh 6KB
SplicingCheck.sh 6KB
Basic_analysis.sh 2KB
Merge_Results.sh 2KB
BlocksToNovelExons.sh 2KB
cDNA_check.sh 3KB
AWKs
CDS_transform_refined_2.awk 759B
CDS_transform.awk 1KB
splicing_checking_unedited_ACAT.awk 14KB
ObtainIntronInRetain.awk 883B
CDS_transform_refined_1.awk 313B
BlatInitTransform.awk 2KB
splicing_checking_unedited_AGGC.awk 14KB
final_catlog_cds.awk 3KB
UTR_overlap_check_2.awk 2KB
DividingBlocks.awk 957B
support_count.awk 3KB
Init_ENST.awk 559B
support_count_refine.awk 2KB
splicing_checking_noncanonical.awk 19KB
GapFix.awk 1020B
rm_ambiguous_BLAT-blocks.awk 3KB
support_count_coding.awk 2KB
rm_duplicate_candidates.awk 262B
splicing_checking_unedited_AGGT_3n.awk 11KB
splicing_checking_unedited_AGGC_3n.awk 14KB
RetainCut.awk 2KB
final_layout.awk 537B
UTR_overlap_check_1.awk 694B
final_catlog_noncds.awk 2KB
filter_internal_retained.awk 6KB
splicing_checking_unedited_AGGT.awk 11KB
merge_AllSpecies.awk 2KB
GetENSTMaxLen.awk 321B
rm_duplicate.awk 655B
ReadMe.txt 6KB
UNINSTALL.sh 352B
C_PROGRAMS
SOURCE
ExonScan.c 16KB
RecordDivide.c 2KB
CatMapBlock.c 34KB
ExtractSeqDNA.c 3KB
cdnaCheck.c 6KB
GenomeTransform.c 2KB
extractSpliceSites.c 6KB
AS_Exon_Removal.c 9KB
extractCandidateDNA.c 7KB
BlockCorrect.c 16KB
BINARY
AS_Exon_Removal 13KB
extractSpliceSites 13KB
extractCandidateDNA 18KB
cdnaCheck 12KB
ExonScan 18KB
RecordDivide 9KB
BlockCorrect 29KB
CatMapBlock 45KB
ExtractSeqDNA 13KB
GenomeTransform 13KB
SampleInputOutput
Sample.genome 65.13MB
Sample_files_description.txt 324B
Sample.cdna 8KB
SampleOutput.tsv 436B
Sample.psl 17KB
Sample.EST 5KB
Sample.genes 8.32MB
Sample.genes_CDS 4.7MB
INSTALL.sh 680B
共 72 条
- 1
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