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pyctd:PyCTD是一个Python软件包,用于查询和分析来自CTD数据库的数据
共79个文件
py:19个
png:15个
rst:13个
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2021-05-13
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PyCTD 是一个Python软件包,可通过提供的数据访问和查询化学-基因/蛋白质相互作用,化学-疾病和基因-疾病关系。 数据安装在(本地或远程)RDBMS中,通过使用SQLAlchemy数据库层,可以使生物信息算法对复杂查询的响应时间非常快,并且具有很高的灵活性。 PyCTD由Fraunhofer算法与科学计算研究所 开发。有关CTD的更多信息,请转到。 以下项目支持此开发: 和 。 支持的数据库 PyCTD使用SQLAlchemy来覆盖广泛的RDMS(关系数据库管理系统)。 为了获得最佳性能,建议使用MySQL或MariaDB。 但是,如果您无法在系统上安装软件SQLite(不需要进一步安装),则也可以使用。 SQLAlchemy支持以下RDMS: 火鸟 Microsoft SQL服务器 MySQL的/ MariaDB的 Oracle PostgreSQL SQLi
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pyctd-master.zip (79个子文件)
pyctd-master
setup.py 3KB
.gitignore 1KB
requirements.txt 60B
src
pyctd
manager
model_types
model_types_old.py 3KB
__init__.py 46B
action.py 2KB
table.py 805B
__init__.py 268B
database.py 18KB
models.py 23KB
table_conf.py 8KB
defaults.py 952B
query.py 25KB
__init__.py 892B
cli.py 2KB
constants.py 459B
__main__.py 86B
.travis.yml 1KB
MANIFEST.in 600B
.bumpversion.cfg 766B
LICENSE 11KB
README.rst 7KB
tests
test_query.py 8KB
data
CTD_exposure_events.tsv.gz 716B
CTD_chem_gene_ixn_types.tsv 198B
CTD_chemicals.tsv.gz 267B
CTD_genes_pathways.tsv.gz 154B
CTD_chem_pathways_enriched.tsv.gz 231B
CTD_genes_diseases.tsv.gz 261B
CTD_diseases_pathways.tsv.gz 194B
CTD_diseases.tsv.gz 269B
CTD_chemicals_diseases.tsv.gz 285B
CTD_genes.tsv.gz 223B
CTD_chem_gene_ixns.tsv.gz 296B
CTD_chem_go_enriched.tsv.gz 266B
CTD_pathways.tsv.gz 107B
__init__.py 0B
AUTHORS.rst 306B
CONTRIBUTING.rst 3KB
CHANGELOG.rst 946B
docs
create_schema_view.py 2KB
Makefile 606B
make.bat 777B
source
roadmap.rst 599B
index.rst 3KB
conf.py 5KB
_static
logos
aetionomy_logo.png 8KB
phago_logo.jpeg 5KB
scai-logo.png 6KB
scai-logo.svg 5KB
imi-logo.png 31KB
imi_logo.png 16KB
aetionomy-logo.png 54KB
project_logo_large.png 9KB
scai_logo.png 6KB
models
chemGeneIxn.dot 14KB
geneDisease.dot 10KB
diseasePathway.png 17KB
disease.dot 9KB
chemicalDisease.png 65KB
diseasePathway.dot 5KB
geneDisease.png 36KB
chemical.png 43KB
all.dot 63KB
disease.png 41KB
chemGeneIxn.png 66KB
gene.dot 13KB
chemicalDisease.dot 12KB
gene.png 76KB
chemical.dot 9KB
all.png 530KB
installation.rst 4KB
manager.rst 394B
technology.rst 4KB
query.rst 1009B
ctd.rst 2KB
benchmarks.rst 764B
quick_start.rst 2KB
tox.ini 1KB
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DeepIndaba
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