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linguaPhylo:LinguaPhylo:一种用于描述,可视化和模拟概率系统发育模型的语言
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2021-02-25
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LinguaPhylo:交流和重现用于系统发育分析的概率模型 在过去的十年中,出现了一种新的科学计算和数据科学范式。 最近的一个例子是使用eLife的可复制文档堆栈发布了第一篇“可计算复制的文章”,它将传统手稿的功能与实时代码,数据和交互式图形相结合。 尽管用于统计系统发育的标准工具通过流行的开源软件和计算机可读数据文件格式提供了一定程度的可重复性和可重用性,但仍有许多工作要做。 令人沮丧的是,在系统发育学中构建和准确传达概率模型的能力令人沮丧。 不同推理包(例如BEAST1,BEAST2,MrBayes,RevBayes)之间的互操作性较低,并且这些软件使用的文件格式对研究人员而言可读性较低。 该工具包含两个相关项目:LinguaPhylo(简称Lhy)和 。 LinguaPhylo(LPhy的缩写-发音为el-fee) 在这个项目中,我们旨在开发一种模型规范语言,以简明扼要地定
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linguaPhylo:LinguaPhylo:一种用于描述,可视化和模拟概率系统发育模型的语言 (572个子文件)
linguaPhylo.bib 214KB
h3n2_2deme.fna 105KB
DataModel.g4 7KB
Simulator.g4 6KB
.gitignore 363B
batik-all-1.14.jar 4.09MB
commons-math3-3.6.1.jar 2.11MB
jlatexmath-1.0.7.jar 654KB
jebl-23-07-2020.jar 551KB
commons-lang3-3.10.jar 511KB
antlr-runtime-4.8.jar 330KB
ejml-ddense-0.38.jar 327KB
junit-4.8.2.jar 232KB
jlatexmath-font-greek-1.0.7.jar 184KB
ejml-core-0.38.jar 181KB
jlatexmath-font-cyrillic-1.0.7.jar 181KB
ejml-simple-0.38.jar 171KB
markdowngenerator-1.3.2.jar 36KB
DataModelParser.java 72KB
SimulatorParser.java 61KB
SimulatorListenerImpl.java 48KB
NexusParser.java 35KB
SimulatorListenerLightweightImpl.java 33KB
NewickParser.java 30KB
Generator.java 20KB
LPhyParser.java 19KB
StructuredCoalescent.java 19KB
WrappedBivariateDiffusion.java 18KB
DataModelLexer.java 17KB
PhyloCTMC.java 17KB
SimulatorLexer.java 17KB
ParserUtils.java 15KB
LinguaPhyloStudio.java 15KB
TimeTreeComponent.java 15KB
MethodCall.java 14KB
NarrativePanel.java 14KB
DataModelCodeColorizer.java 14KB
TextLineNumber.java 13KB
ElementWise2Args.java 13KB
MetaDataAlignment.java 13KB
NodePaintUtils.java 13KB
GraphicalModelComponent.java 13KB
CodeColorizer.java 12KB
BoundsPopupMenuListener.java 12KB
BirthDeathSerialSamplingTree.java 11KB
NewickLexer.java 11KB
LaTeXNarrative.java 11KB
GraphicalModelPanel.java 10KB
BrandesKopfHorizontalCoordinateAssignment.java 10KB
DataModelBaseListener.java 10KB
DataModelListener.java 9KB
VectorUtils.java 9KB
GraphicalModelInterpreter.java 9KB
ViewerRegister.java 9KB
ToroidalPlot.java 9KB
SkylineCoalescent.java 9KB
MultispeciesCoalescent.java 9KB
VectorizedDistribution.java 8KB
TimeTree.java 8KB
IID.java 8KB
SimulatorBaseListener.java 8KB
NewickASTVisitor.java 8KB
SimulatorListener.java 8KB
PhyloMultivariateBrownianTest.java 8KB
ValueUtils.java 7KB
Utils.java 7KB
DataModelBaseVisitor.java 7KB
HTMLNarrative.java 7KB
VectorizedFunction.java 7KB
TimeTreeNode.java 7KB
PhyloMultivariateBrownian.java 7KB
NewRandomVariablePanel.java 7KB
GenerateDocs.java 7KB
AlignmentComponent.java 7KB
LayeredGraph.java 6KB
DataModelToLaTeX.java 6KB
FullBirthDeathTree.java 6KB
SimulatorBaseVisitor.java 6KB
DataModelToHTML.java 6KB
Taxa.java 6KB
DataModelVisitor.java 6KB
PhyloBrownian.java 6KB
TreeDrawingOrientation.java 6KB
ExpressionNode1Arg.java 5KB
TaxaConditionedTreeGenerator.java 5KB
NarrativeUtils.java 5KB
PhyloWrappedBivariateDiffusion.java 5KB
ViewerPane.java 5KB
SerialCoalescent.java 5KB
AbstractAlignment.java 5KB
VariableSummary.java 5KB
Value.java 5KB
SimFBDAge.java 5KB
VarFileLogger.java 5KB
ExpressionNodeWrapper.java 5KB
SimBDReverse.java 5KB
ReadFasta.java 5KB
ExpressionNode2Args.java 5KB
BernoulliMulti.java 5KB
SimulatorVisitor.java 5KB
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DeepIndaba
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