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Twister-DACIDR:这是在Twister中实现的DACIDR的当前管道
共98个文件
java:68个
jar:17个
sh:6个
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2021-05-14
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如何使用Twister-0.9运行DACIDR 获得对Linux环境机器的访问权限 按照以下步骤设置Twister-0.9环境:[ ] 将dacidr下的类导出到jar文件中(使用ANT),并将其放在$ TWISTER_HOME / apps下 复制除Twister-0.9.jar以外的lib文件夹下的所有文件,并将其放在$ TWISTER_HOME / lib下 运行应用程序 请参阅以下文档:[ ] ## DACIDR中的应用程序DACIDR中有3个应用程序:全对序列比对(ASA),多维标度(MDS)和插值。 ASA位于软件包cgl.imr.samples.dacidr.pwa下 MDS位于软件包cgl.imr.samples.dacidr.wdasmacof下 Interpoaltion在软件包cgl.imr.samples.dacidr.inter下 运行这些应用程序的脚
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Twister-DACIDR-master.zip (98个子文件)
Twister-DACIDR-master
.gitignore 2KB
data
4640_fasta.txt 521KB
src
cgl
imr
samples
dacidr
pwa
large
partial
PairWiseAlignment.java 4KB
PWAMapTask.java 8KB
nosym
PairWiseAlignment.java 7KB
Region.java 2KB
PWAReduceTask.java 3KB
Block.java 8KB
PWAMapTask.java 8KB
tools
MatrixTranspose.java 1KB
MergeBlocks.java 2KB
MergeTwoMatrixByCols.java 2KB
MatrixComparator.java 2KB
MergeTwoMatrixByRows.java 2KB
sym
PairWiseAlignment.java 6KB
Region.java 2KB
PWAReduceTask.java 4KB
Block.java 8KB
PWAMapTask.java 10KB
util
FileOperation.java 2KB
GenePartition.java 4KB
SequenceAlignment.java 1KB
norm
PairWiseAlignment.java 6KB
Region.java 2KB
PWAReduceTask.java 10KB
Block.java 13KB
PWAMapTask.java 19KB
wdasmacof
tools
RandomWeightMatrixGenerator.java 5KB
WeightMatrixGenerator.java 2KB
utils
Ref.java 273B
fix
MatrixMultiplyReduceTask.java 2KB
FileOperation.java 1KB
MatrixMultiplyMapTask.java 4KB
AvgOrigDistanceReduceTask.java 1KB
MDSShortDataSplit.java 6KB
CalcBCReduceTask.java 2KB
MDSMatrixData.java 7KB
CalcBCMapTask.java 8KB
AvgOrigDistanceMapTask.java 3KB
MatrixException.java 557B
DAMDS2.java 29KB
StressMapTask.java 5KB
MDSShortMatrixData.java 6KB
StressReduceTask.java 1KB
MatrixUtils.java 13KB
vary
MatrixMultiplyReduceTask.java 2KB
FileOperation.java 2KB
MatrixMultiplyMapTask.java 5KB
AvgOrigDistanceReduceTask.java 2KB
MDSShortDataSplit.java 6KB
CalcBCReduceTask.java 2KB
MDSMatrixData.java 7KB
CalcBCMapTask.java 8KB
AvgOrigDistanceMapTask.java 4KB
MatrixException.java 558B
DAMDS2.java 26KB
StressMapTask.java 6KB
MDSShortMatrixData.java 6KB
StressReduceTask.java 1KB
MatrixUtils.java 15KB
inter
util
FileOperation.java 4KB
DistanceCalculation.java 4KB
Constants.java 1004B
mimds
Interpolation.java 8KB
InterpolationMapper.java 3KB
TwisterInterpolation.java 3KB
type
Point.java 1KB
DistancePoint.java 1KB
SequencePoint.java 510B
Vec3D.java 598B
README.md 9KB
script
mdsFileSplit.sh 3KB
run_dasmacof_cg_mem.sh 3KB
pwaFileSpliter.sh 3KB
pwaMatrixMergerNoMap.sh 3KB
pwaMul.sh 3KB
randomWeights.sh 3KB
build.xml 790B
lib
EDNAFULL_newformat 1KB
biojava3-alignment-3.0.2-SNAPSHOT.jar 161KB
jug-asl-2.0.0.jar 31KB
biojava3-core-3.0.jar 247KB
biojava3-genome-3.0.2-SNAPSHOT.jar 60KB
biojava3-protmod-3.0.2-SNAPSHOT.jar 83KB
biojava3-phylo-3.0.2-SNAPSHOT.jar 57KB
MBF2Java.jar 18KB
biojava3-aa-prop-3.0.2-SNAPSHOT.jar 12KB
biojavawrapper.jar 11KB
CogAliIndividualScoreMat.jar 38.53MB
biojava3-ws-3.0.2-SNAPSHOT.jar 14KB
biojava3-structure-gui-3.0.2-SNAPSHOT.jar 266KB
biojava3-core-3.0.2-SNAPSHOT.jar 252KB
guava-18.0.jar 2.15MB
BLOSUM62_newformat 2KB
biojava3-structure-3.0.2-SNAPSHOT.jar 662KB
Twister-0.9.jar 196KB
biojava3-alignment-3.0.jar 100KB
Setup.md 4KB
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