整体植物中基因组的脚本分析
此存储库包含一些代码示例,这些代码示例用于从您自己的脚本询问Ensembl Plants,以及掩蔽和注释植物基因组中的。
重复遮罩和注释
请参阅文件夹示例和文档。
如果您要重复注释,则必须首先:
make install_repeats
食谱清单
这些是此存储库中的食谱,可通过grep -P“ ^ ## \ w \ d +”食谱/示例*获得:
exampleAPI.pl:## A1) Load the Registry object with details of genomes available
exampleAPI.pl:## A2) Check which analyses are available for a species
exampleAPI.pl:## A3) Get soft masked sequences from Arabidop
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