Protospacer:CRISPR的快速gRNA设计和验证-开源

在http://www.protospacer.com/contact.html上注册我们的邮件列表。 Protospacer允许研究人员构建，分析和共享他们自己的CRISPR靶位数据库。 这使定制库的开发成为可能，并有助于将CRISPR技术转移到新生物中。 每个Protospacer数据库都是给定FASTA序列内所有可能的Cas9目标位点（即所有NGG / NAG位点）的简单目录。 然后Protospacer允许用户通过基因ID，外显子/内含子/ UTR位置，序列相似性或基因组坐标从数据库中选择靶标。 从这里，用户可以评估潜在的脱靶，以FASTA格式或列表格式导出结果（例如，对于Microsoft Excel），并连接到集成基因组查看器（IGVref）并在基因组注释的上下文中查看目标位置，氨基酸翻译和HT-Seq数据（用于脱靶验证）。 我们从我们的主要网站提供在线视频教程和玩具数据库。