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maple:平行进化的变异分析
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2021-03-08
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枫木:平行进化的变异分析 Maple是一条管道,用于分析高度并行的靶向进化实验中的突变丰富的下一代测序数据,特别关注牛津纳米Kong技术(ONT)数据。 它使用独特的分子标识符(UMI),易于使用和通用的多路分解以及一套分析和绘图功能,可提供共有序列生成。 分析主要由自定义python脚本执行,但是一些外部工具是集成的并且很关键: 此外,(非常复杂的)snakemake管道借鉴了许多概念和代码。 入门 Maple需要conda,可以按照以下进行安装。 Miniconda的重量更轻,可提供Maple所需的一切。 如果需要Basecalling ONT数据,则还需要GPU硬件和 。 为了适应在计算群集上的使用,唯一需要root特权的步骤是conda和cuda的安装,大多数群集上都应该已经安装了conda和cuda。 克隆存储库: git clone https://github.com/
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maple-main.zip (31个子文件)
maple-main
.gitignore 2KB
README.md 3KB
LICENSE 1KB
example_working_directory
config.yaml 10KB
ref
barcodes.fasta 243B
exampleReferences.fasta 1010B
refSeqs.fasta 4KB
requirements.txt 133B
Snakefile 16KB
rules
report.smk 21KB
utils
UMI_consensus.py 11KB
plot_mutation_distribution.py 2KB
storage.py 3KB
mutation_analysis.py 20KB
report.py 10KB
storage_fast5Index.py 13KB
generate_barcode_ref.py 5KB
UMI_extract.py 6KB
plot_mutations_aggregated.py 4KB
__init__.py 0B
alignment_stats.py 4KB
demux.py 21KB
plot_mutation_spectrum.py 6KB
mutation_statistics.py 5KB
plot_UMI_groups_distribution.py 1KB
get_file.py 5KB
clean.smk 5KB
storage.smk 4KB
install.smk 21KB
pipeline.smk 19KB
env.yaml 718B
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PeterLee龍羿學長
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