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metabarcoding-primer-portfolio:评价22种引物对海洋和淡水鱼类的主要条形码
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metabarcoding-primer-portfolio 评估22种用于海洋和淡水鱼类元条形码的引物对 这些分析与手稿一起进行,以测试针对多个条形码基因中短片段(<300 bp)的引物对组合的分类学回收率和分离度。 数据 数据包括使用cutadapt,dada2的初始生物信息工作流程的输出,以及对自定义数据库进行后生搜索的爆炸式搜索。 这些文件在/data/目录中。 开始进行分析的主要数据是: 扩增子序列变异(ASV)计数表-一个R数据对象,其中包含每个引物组每个ASV的每个样品的读数计数。 ASV分类法输出-来自NCBI的与每个ASV相关的每个FASTA序列的BLAST命中列表,还包括生成ASV的引物组。 分析 在大多数情况下,分析是顺序的,并按适当的顺序编号,以生成下一组分析的依存关系。 对ASV表格进行净化后,必须先过滤BLAST的分类命中数据,然后才能合并数据并与参考池
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metabarcoding-primer-portfolio:评价22种引物对海洋和淡水鱼类的主要条形码 (132个子文件)
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