facets：在Costello实验室外显子组数据上运行FACETS（https：github.commskccfacets）的...

面包装 在Costello实验室外显子组数据上运行FACETS（ ）的脚本 制作运行配置文件：在最新版本的配置文件上运行create_input_snp_pileup.py，然后将其子集化，以仅包含您关心的患者。 运行：要同时执行所需的上游分析和FACETS本身运行，请运行命令“ qsub -l vmem = 20gb run_snp-pileup.sh”，该命令将使用snp_pileup_input.txt（您在其中创建的配置文件）中指定的bam文件。步骤1），对它们进行堆积，然后对每个肿瘤：正常组合进行FACETS。