Cavity_Model

代码 run_pred.py包含用于进行ddG ML预测的管道。 run_pred_SLURM.sh包含推荐的SLURM脚本。 安装 （仅在Linux上使用Miniconda进行过测试）。 克隆存储库。 安装并激活提供的conda环境environment.yaml 。 在正确的目录中安装reduce。 我的解析器使用该程序向蛋白质中添加缺失的氢。 cd src/pdb_parser_scripts git clone cd reduce/ make ; make install ＃这可能会产生错误，但在此目录中提供reduce可执行文件 执行 将任何PDB文件下载到目录data/test/Predictions/raw 。 执行管道run_pred.py 。