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作业1
我本周分配的数据集包括一个分类表,一个asv表和一个样本图。 该数据来自Bowdish实验室先前的一项横断面研究,该研究于2016-2018年进行,目的是观察呼吸道感染前后上呼吸道(URT)的前鼻Kong和口腔的成分变化。 样本图包括44个人的ID号,年龄,性别,样本类型和捐赠时间点。 从鼻拭子和唾液拭子提供样品,并在基线(9月至11月),感染(或“事件”,10月至2月)和随访(3月至8月)期间收集。 在鼻腔和唾液样本的v3和v4区域中使用16S rRNA测序对数据进行测序。 我对此数据集有一些生物学问题,包括“老年人的URT微生物组在感染后会重新稳定吗?”,“ URT微生物组的成分变化如何导致呼吸道感染?” 以及“ URT微生物组稳定性如何在年轻人和老年人体内感染前后波动?”
作业2
我想调查健康成年人中URT微生物组与年龄相关的变化。 我将使用alpha和beta分集