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DomainViz:此 repo 用于创建一个网页,该网页将包含多个工具,以创建一个一站式商店,用于访问 UhrigLab 和其...
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2021-07-24
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帮助 介绍 DomainViz 允许用户使用多个域预测平台(Pfam 和 Prosite)识别和可视化一个或多个蛋白质序列上的蛋白质域,以了解蛋白质组和家族中不同域的一致位置和丰度。 虽然 Pfam 和 Prosite 分别为单个序列提供域信息,但无法搜索多个蛋白质,需要大量的手动管理。 DomainViz 自动同时识别来自多个蛋白质的域,并提供统一和一致的输出以供进一步分析和发布。 这通过生成“共识”直方图来突出显示,该图描绘了来自输入蛋白质序列的代表性中值蛋白质序列中域的分布和位置。 一般操作 文件上传:DomainViz 接受单个多序列 fasta 文件。 文件扩展名应为 .FA 或 .FASTA,文件大小应小于 10 Mb。 fasta 文件中存在的每个序列的格式应如下所示: AT3G19040.1 | PACid:19663337_AtTAFIIb MICRVDYGSNDEEY
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DomainViz-main
website-glen
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prodoplot.service 327B
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robots.txt 67B
favicon.ico 114KB
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src
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utils
MessageMap.js 503B
UploadFile.js 1KB
FastaFileMap.js 3KB
PDF.js 1KB
Request.js 111B
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PDFMap.js 5KB
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UA-SCI-1C-SOLID-REVERSE.png 24KB
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Footer.js 2KB
AccordionSetup.js 1KB
Home.js 2KB
DomainViz.js 17KB
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App.test.js 280B
setupTests.js 255B
App.css 564B
serviceWorker.js 5KB
index.js 503B
Pipfile.lock 26KB
setup.py 365B
README.md 3KB
Pipfile 241B
api
.flaskenv 86B
wsgi.py 297B
api
fix_db_merge_conflicts.py 396B
requirements.flask.txt 236B
database.db 704KB
utils.py 4KB
__init__.py 302B
examples
GNATs_class1.fa 11KB
GNATs_class2.fa 11KB
GNATs_ALL.fa 98KB
README.md 4KB
example.zip 36KB
GNATs_class3.fa 14KB
models.py 399B
views.py 9KB
propplotenvDEV
pyvenv.cfg 75B
bin
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f2py3 350B
rst2man.py 698B
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rst2pseudoxml.py 700B
rstpep2html.py 769B
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rst2html.py 693B
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rst2html4.py 813B
f2py3.7 350B
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pip3.7 355B
rst2xml.py 701B
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f2py 350B
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easy_install-3.7 367B
activate.fish 2KB
python 7B
pip3 355B
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requirements.domainviz.txt 204B
templates
500.html 181B
404.html 172B
domainviz.py 217KB
package.json 1KB
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README.md 7KB
blob
main
img
Main_Inputs_Open.png 82KB
.gitkeep 1B
Download.png 36KB
Main.png 33KB
DropdownMenu.png 38KB
.gitignore 2KB
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西西里上尉
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