没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
pyhtslib:使用htslib从Python文件读取HTS
共62个文件
py:21个
gz:7个
tbi:7个
需积分: 10 0 下载量 60 浏览量
2021-05-20
04:59:24
上传
评论
收藏 154KB ZIP 举报
温馨提示
pyhtslib-从Python访问HTS文件 Python库pyhtslib是htslib的包装, 是一个C库,用于访问用于高通量排序(HTS)文件格式的文件。 pyhtslib的目的是通过易于使用且经过良好测试的Python界面提供htslib的I / O功能。 地位 对以下格式的读取访问权限有效: SAM / .bai顺序和索引(通过.bai文件的BAM,通过tabix索引的SAM) VCF / .csi顺序索引和索引(BCF通过.csi文件,VCF通过tabix索引) tabix-读取任意TSV文件 FAI-索引FASTA 什么东西少了: 写入文件[v0.6] CRAM支持[v0.5] 通过kseq.h库[v0.4]顺序执行FASTA和FASTQ v1.0路线图上的其他内容: 对Python 2的支持(许多Python生物信息学工具尚未迁移到Python 3)[v
资源推荐
资源详情
资源评论
收起资源包目录
pyhtslib-master.zip (62个子文件)
pyhtslib-master
.travis-scripts
install-htslib.sh 484B
requirements.txt 184B
TODO.md 347B
.travis.yml 494B
pyhtslib
faidx.py 4KB
bam_internal.py 10KB
tabix_internal.py 3KB
hts_internal.py 6KB
tabix.py 13KB
__init__.py 419B
bcf_internal.py 15KB
bam.py 25KB
faidx_internal.py 1KB
load_dll.py 1KB
bcf.py 40KB
LICENSE 2KB
README.md 1KB
tests
test_faidx.py 2KB
test_pyhtslib.py 433B
test_bam_header.py 3KB
test_bcf_header.py 7KB
__init__.py 0B
test_bam_read.py 3KB
bcf_fixtures.py 5KB
bam_fixtures.py 5KB
test_bcf_read.py 3KB
files
header_only.bam 382B
two_hundred.vcf.gz 13KB
two_hundred.bam 12KB
two_hundred.sam.gz.tbi 2KB
two_genes.fa 2KB
header_only.bam.bai 144B
two_hundred.bcf 14KB
two_hundred.sam 50KB
six_records.vcf 8KB
two_hundred.bcf.csi 2KB
six_records.bam 382B
header_only.vcf.gz 1KB
reduced_pg.vcf.gz.tbi 5KB
two_hundred.bam.bai 42KB
six_records.vcf.gz.tbi 396B
two_hundred.sam.gz 11KB
header_only.sam.gz.tbi 104B
header_only.bcf.csi 73B
reduced_pg.vcf.gz 3KB
two_genes.fa.fai 45B
header_only.bcf 2KB
header_only.vcf.gz.tbi 72B
six_records.bcf.csi 181B
six_records.sam.gz.tbi 119B
header_only.sam 607B
six_records.sam 2KB
six_records.sam.gz 288B
six_records.vcf.gz 2KB
six_records.bcf 3KB
two_hundred.vcf.gz.tbi 6KB
header_only.vcf 5KB
two_hundred.vcf 54KB
six_records.bam.bai 200B
header_only.sam.gz 289B
test_tabix.py 4KB
.gitignore 55B
共 62 条
- 1
资源评论
巩硕
- 粉丝: 19
- 资源: 4594
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功