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iqKM:iqKM是用于KEGG模块识别和定量的易于使用的管道
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2021-02-09
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iqKM(KEGG模块的识别和量化) iqKM是易于使用的管道,用于分配和/或量化元基因组/基因组中的KEGG正交(KO)和KEGG模块(KM)。 iqKM -i genome.fna -o out_dir --help_dir help_dir iqKM -i metagenome.fna -o out_dir --help_dir help_dir --fq raw_reads.fastq(.gz) --meta --quantify iqKM -h 详细的管道演练 安装 iqKM是为Linux和macOS开发的命令行工具,可以从 , 或安装。 通过conda安装(推荐) 通过conda安装iqKM将自动安装所有依赖项。 步骤1:创建iqKM环境 conda create -n iqkm -c bioconda iqKM 步骤2:下载Kofam HMM数据库和帮助文件 con
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iqKM-master.zip (75个子文件)
iqKM-master
km.code-workspace 253B
tests
iqkm_identification_and_quantification.log 2KB
test_command.sh 2KB
iqkm_identification.log 5KB
output
hmmsearch
example_hmmsearch.tbl 1KB
example_hmmsearch.log 758B
KM_assignment_unfiltered
example.summary.kegg_contigs.tsv 747B
example.summary.kegg_pathways.tsv 629B
out_remap
example_unique.tab 535B
example_remapping.log 1KB
KO_parsing
example.ko 236B
.DS_Store 20KB
out_abundance
ko_abd
example_ko_abd.tsv 212B
km_abd_contig
example_km_contig_abd.tsv 783B
km_abd_sample
example_km_sample_abd.tsv 178B
KM_assignment_filtered
example_km_sample_count.tsv 55B
example_km_on_contig.tsv 574B
prodigal
example.cds.bwt 568B
example.cds.ann 319B
example.cds.pac 122B
example.cds.sa 296B
example.cds.amb 8B
example.cds 777B
example.pep 454B
example.gff 1KB
.DS_Store 10KB
genomes
GCF_003018455.1_ASM301845v1_genomic.fna 5.94MB
download_data.sh 464B
LICENSE 34KB
iqkm
run_remapping.py 7KB
workflow_identification.py 13KB
workflow_iqkm.py 20KB
run_prodigal.py 1KB
give_pathways_weight.py 13KB
calculate_km_proximity.py 4KB
__pycache__
workflow_iqkm.cpython-38.pyc 8KB
baseops.cpython-38.pyc 2KB
__main__.cpython-38.pyc 4KB
__init__.cpython-38.pyc 138B
calculate_km_proximity.cpython-38.pyc 4KB
version.cpython-38.pyc 156B
parse_ko_assignment_prodigal.cpython-38.pyc 4KB
calculate_km_abd.cpython-38.pyc 7KB
workflow_identification.cpython-38.pyc 6KB
give_pathways_weight.cpython-38.pyc 7KB
run_hmmsearch.cpython-38.pyc 1KB
workflow_whole.cpython-38.pyc 8KB
run_prodigal.cpython-38.pyc 2KB
fileops.cpython-38.pyc 2KB
run_remapping.cpython-38.pyc 6KB
parse_ko_assignment.cpython-38.pyc 5KB
__main__.py 6KB
.DS_Store 8KB
calculate_km_abd.py 10KB
__init__.py 0B
parse_ko_assignment.py 7KB
run_hmmsearch.py 1KB
version.py 36B
baseops.py 2KB
setup.py 1KB
iqkm_workflow.jpg 185KB
README.md 9KB
iqkm.egg-info
PKG-INFO 957B
requires.txt 38B
SOURCES.txt 487B
entry_points.txt 45B
top_level.txt 5B
dependency_links.txt 1B
scripts
workflow_iqkm_manual.py 16KB
workflow_identification_manual.py 11KB
merge_km_abd.py 984B
merge_ko_abd.py 977B
update_kofamdb.sh 797B
.DS_Store 6KB
update_kofam.py 793B
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巩硕
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