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Read Analysis n Comparison Kit in Java-开源
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2021-04-28
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除了RPKM(每千位每百万的读取数)值之外,RACKJ还会计算外显子和剪接事件的读取计数。 这样,比较两个样品并鉴定在外显子(剪接)水平上具有最大差异的基因是可行的。
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rackJ.tar.gz (88个子文件)
rackJ
rackj.jar 621KB
scripts
TrimFasta.pl 401B
SSDAcompare_chisqr.pl 8KB
SSIRcompare_ex.pl 7KB
samGetSEQ.pl 4KB
SSEScompare_ex.pl 6KB
SplitFasta.pl 730B
SeqGen.pl 4KB
FastqFilter.pl 3KB
CGFFStatistics.pl 5KB
GFFExtractor.pl 1KB
special
MastComapre.pl 3KB
MastAnnotationAS.pl 9KB
SeqGenAS.pl 5KB
MastAnnotation.pl 1007B
PTCdetection.pl 7KB
MutationAnnotation.pl 14KB
SNPannotation.pl 11KB
SNPMappingScan.pl 3KB
Interval2igv.pl 3KB
ShuffleFasta.pl 525B
SSDAcompare.pl 7KB
SSEScompare.pl 464B
SSIRcompare.pl 798B
FastqQChecker.pl 2KB
samGetSEQfast.pl 2KB
CoveredRegionDiff.pl 5KB
Visualization.pl 5KB
RPKMcorrelation.pl 3KB
psl2sam.pl 6KB
pipeline
MergeSam2.pl 4KB
sam_filter.pl 3KB
MappingBowtie.pl 2KB
sam2fas.pl 623B
MergeSam.pl 306B
MappingBlat.pl 2KB
preindex.pl 149B
MappingTargetTable.pl 683B
Mapping.pl 9KB
MappingBowtieBlat.pl 2KB
fixFasta.pl 380B
MappingBowtieBlat2.pl 2KB
SplitFastq.pl 729B
ShuffleFastq.pl 667B
deprecated
SeqGenExonSkippingJunctionSite.pl 3KB
MastAnnotationES.pl 6KB
SeqGenIntronJunctionSite.pl 4KB
MastAnnotationIR.pl 8KB
MastAnnotationDA.pl 9KB
IRHelper.pl 4KB
SAMcount.pl 199B
IRFlankingExonSeqs.pl 2KB
ESFlankingExonSeqs.pl 2KB
SeqGenFineSpliceSite.pl 6KB
IntronicCGFF.pl 1KB
lgpl.txt 7KB
manual
PrebuildCGFF
PrebuildCGFF.htm 5KB
flowchart.png 43KB
SpecialScripts
motif.png 10KB
junction.png 4KB
index.html 16KB
Scripts
index.html 33KB
index.html 2KB
Mapping
index.html 26KB
RNAseqExample
pphy2.EC6S.Pp1s97_68V2.1t.jpg 25KB
lerEC6A.AT1G36390.jpg 29KB
lerEC6A.AT1G36380t.jpg 14KB
pphy2.EC6S.Pp1s97_68V2.1.jpg 63KB
lerGC6A.AT1G36390.jpg 33KB
lerEC10A.AT1G36380.jpg 29KB
GeneTranscriptExample.png 6KB
AT5G15630.Fe.jpg 32KB
lerEC6A.AT1G36380.jpg 30KB
pphy2.EC6A.Pp1s97_68V2.1t.jpg 9KB
lerEI6A.AT1G36390t.jpg 16KB
index.html 39KB
lerEC6A.AT1G36390t.jpg 13KB
AT5G59610.ES.jpg 32KB
lerEI6A.AT1G36390.jpg 33KB
AT5G59610.Fe.jpg 34KB
lerEC10A.AT1G36380t.jpg 11KB
lerGC6A.AT1G36390t.jpg 16KB
pphy2.EC6A.Pp1s97_68V2.1.jpg 27KB
Manual
index.html 54KB
CanonicalGFFexample01.png 6KB
LICENSE(intervaltree).txt 1KB
ReleaseNote.txt 809B
README.txt 851B
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