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CSI-Analysis-from-SparkyFormat:以 Sparky 格式获取 NMR 位移并与化学位移指数 (CSI...
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2021-07-16
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2015 年的笔记 这是我在辛辛那提大学暑期奖学金期间还在曾博士的生物化学实验室工作时编写的一个小程序。 我认为他们的 Sparky NMR 分析项目在这一点上被放弃了,但这个脚本可能对某人仍然有用,但老实说,你可以用电子表格程序做同样的事情。 我现在是一名全职软件工程师,不再参与化学工作,自从我编写这个基本脚本以来,我作为程序员已经走了很长一段路。 作为旁注,。 介绍: 这是一个小脚本,用于处理蛋白质总结构比较的 NMR 化学位移分析。 将实验确定的偏移与参考的偏移进行比较,如果高于所列范围,则对应的氨基酸接收 1,如果在该范围内,则接收 0,如果低于所列范围,则接收 -1。 如果超过 4 个连续氨基酸存在 1 或 -1 的模式,这可能表明存在某种二级结构。 如果这是准确的,则多个原子之间的一致性应该相关。 有关背景,请参阅 1994 年 Wishart 论文: Title
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CSI-Analysis-from-SparkyFormat-master.zip (27个子文件)
CSI-Analysis-from-SparkyFormat-master
.gitignore 7B
rmn-shifts-singlespace-2-with-HA.csv 3KB
results
codiffs.png 18KB
cadiffs.png 18KB
caIndexHist.png 24KB
coIndexHist.png 24KB
co.txt 2KB
haIndexHist.png 25KB
ca.txt 2KB
ha.txt 2KB
cbdiffs.png 17KB
cbIndexHist.png 23KB
cb.txt 2KB
spreadsheets
rmn-dat.ods 28KB
rmn-raw-experimental-data.csv 4KB
rmn-dat.xls 73KB
rmn-raw-experimental-data.ods 21KB
README.md 2KB
shift-refs
csi.co 267B
csi.cb 244B
csi.ha 242B
csi.ca 244B
rmnshifts-singlespace.txt 3KB
read-shifts-dat.py 461B
sparky-csi-analyzer.py 5KB
make_histograms.py 2KB
shifts.py 6KB
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