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EDM设置:ExomeDepthMod
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2021-02-22
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**** 正在开发中 ***** 背景 是从外显子组测序数据中检测拷贝数变异(CNV)的最灵敏工具之一。 ExomeDepth是一个R包,在R / ExomeDepth中处理大型数据集是一个挑战。 为了解决此问题,EDM实现了ExomeDepth管道,并内置了两个主要更改。首先,EDM使用mosdepth计算外显子的覆盖率,并出于性能原因对算法进行近似选择参考面板。 EDM使用并行运行管道(计数读取和变量调用)。 步骤1:设定环境 EDM取决于包括R软件包在内的几种软件工具。 我们使用conda环境来管理依赖项。 您可以使用此处提供的edm_environment.yml文件创建具有所有依赖项的conda环境。 如果您想为您的环境使用其他名称,请编辑yml文件。 git clone https://github.com/drramki-chop/EDM.git conda env cre
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EDM-setup-master.zip (7个子文件)
EDM-setup-master
input.yaml 686B
edm_conda_env.yml 377B
EDM_0.0.1.tar.gz 7.78MB
example.manifest.txt 1KB
README.md 8KB
submit.sh 144B
example.input.yaml 494B
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在南极找不到南
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