souporcell:按基因型将scRNAseq聚类

汤氏细胞 此方法的预印稿可在 汤氏细胞是一种将个体混合基因型scRNAseq实验进行聚类的方法。 输入仅是possorted_genome_bam.bam，以及从输出的条形码 。 souporcell由6个步骤组成，其中前3个步骤使用外部工具，最后一个使用此处提供的代码。 重新映射（ ） 调用候选变体（ ） 细胞等位基因计数（ ） 按基因型对细胞进行聚类（souporcell.py） 呼叫双峰（麻烦） 调用簇基因型并推断周围RNA的量（consensus.py） 简易安装（Linux）（推荐） 下载奇异性映像（1.3gb）（奇异性与docker类似，但对集群安全） singularity pull shub://wheaton5/souporcell 如果您在科学集群上运行，则它们可能具有奇异性，请与系统管理员联系以获取更多详细信息。 如果您在自己Linux机器上