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PWMScan:基于 Web 的全基因组位置权重矩阵 (PWM) 扫描仪-开源
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2021-06-28
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PWMScan 用于根据基因组或通常的大量 DNA 序列扫描位置权重矩阵 (PWM)。 PWM 是描述转录因子 (TF) 的 DNA 结合特异性的最常用数学模型。 PWM 包含结合位点每个位置的每个碱基的分数。 然后通过简单地将结合位点的各个位置的碱基特异性分数相加,获得给定 k-mer 序列的 TF 结合分数。 PWMScan 将 PWM、DNA 字母表字母的背景概率以及阈值分数或 p 值作为输入。 搜索是在整个基因组序列中进行的。 它可以接受 PWM,例如 Transfac 或 Jaspar 数据库中可用的 PWM 以及纯文本 PWM。 它计算给定 p 值阈值或截止值的基因组序列中 PWM 的所有出现。 匹配列表以各种基因组注释格式提供,包括 BEDdetail、FPS 和 SGA。
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PWMScan:基于 Web 的全基因组位置权重矩阵 (PWM) 扫描仪-开源 (104个子文件)
chen10_ctcf_co1128_matrix_scan.bed 10.94MB
chen10_ctcf_co1128_bowtie.bed 10.94MB
chen10_ctcf_co1549_bowtie.bed 2.03MB
stat1_co1731_bowtie.bed 887KB
matrix_scan.c 43KB
mba.c 20KB
hashtable.c 18KB
matrix_prob.c 16KB
bowtie2bed.c 12KB
filterOverlaps.c 11KB
mscan_bed2sga.c 10KB
mscan2bed.c 9KB
misc.c 7KB
chr_hdr 21KB
chr_hdr 902B
chr_NC_gi 650B
COPYING 34KB
chrom2.seq.gz 68.62MB
chrom1.seq.gz 64.7MB
chrom3.seq.gz 56.13MB
chrom4.seq.gz 54.08MB
chrom5.seq.gz 51.18MB
chrom6.seq.gz 48.24MB
chrom7.seq.gz 44.47MB
chromX.seq.gz 43.36MB
chrom8.seq.gz 41.11MB
chrom10.seq.gz 37.75MB
chrom11.seq.gz 37.69MB
chrom12.seq.gz 37.4MB
chrom9.seq.gz 34.61MB
chrom13.seq.gz 27.64MB
chrom14.seq.gz 25.43MB
isakova2017_mouse_mm9_pwmscan.bed.gz 24.51MB
chrom15.seq.gz 23.55MB
chrom16.seq.gz 22.53MB
chrom17.seq.gz 22.12MB
chrom18.seq.gz 21.55MB
chrom20.seq.gz 17.09MB
chrom19.seq.gz 15.52MB
chrom21.seq.gz 10.14MB
chrom22.seq.gz 9.97MB
chromY.seq.gz 7.31MB
chromMt.seq.gz 5KB
genomes_chr_NC_gi.tar.gz 5KB
genomes_chr_hdr.tar.gz 4KB
hashtable.h 8KB
misc.h 598B
debug.h 352B
README.html 35KB
INSTALL 2KB
Makefile 2KB
HOCOMOCOv11_HUMAN_matrix_probs.mat 668KB
HOCOMOCOv11_HUMAN_matrix_logodds.mat 397KB
JASPAR_CORE_2018_vert_matrix_probs.mat 310KB
JASPAR_CORE_2018_vert_matrix_logodds.mat 259KB
isakova2017_human_matrix_probs.mat 49KB
isakova2017_human_matrix_logodds.mat 38KB
isakova2017_mouse_matrix_probs.mat 8KB
isakova2017_mouse_matrix_logodds.mat 6KB
isakova2017_fly_matrix_probs.mat 3KB
isakova2017_fly_matrix_logodds.mat 2KB
stat1_lpm.mat 1KB
statx_transfac.mat 1KB
chen10_ctcf.mat 625B
ctcf_real.mat 570B
stat1_pfm.mat 561B
stat1.mat 421B
stat1_jaspar.mat 340B
HOCOMOCOv11_full_HUMAN_mono_meme_format.meme 717KB
HOCOMOCOv11_full_MOUSE_mono_meme_format.meme 442KB
JASPAR_CORE_2018_vertebrates.meme 342KB
normHeaders 275B
chen10_ctcf_co1128_bowtie.out 11.78MB
pwmconvert.pl 11KB
transfaconvert.pl 11KB
pfmconvert.pl 10KB
jasparconvert.pl 10KB
lpmconvert.pl 7KB
pwm_bowtie_wrapper 10KB
pwm_convert 6KB
pwm_mscan_wrapper 11KB
pwm_scan 16KB
pwmlib_scan 7KB
parallelize.py 10KB
parallelize.py 10KB
matrix_scan_parallel.py 6KB
OWorker.py 5KB
IWorker.py 5KB
IOWorker.py 4KB
example.py 4KB
WorkerInterface.py 3KB
__init__.py 0B
OWorker.pyc 5KB
IWorker.pyc 5KB
IOWorker.pyc 4KB
WorkerInterface.pyc 4KB
__init__.pyc 133B
README 15KB
README 3KB
README 3KB
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靳骁曈
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