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savvy:与各种变体调用格式的接口
共90个文件
hpp:42个
cpp:29个
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2021-03-22
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此存储库中的所有分支都是开发分支。最新的稳定版本可以在部分中找到。 精明的图书馆 Savvy是的官方C ++接口,并提供对BCF和VCF文件的无缝支持。 自版本2.0发布以来,Savvy不再支持写入SAV 1.x文件,但将继续支持读取现有1.x文件。 正在安装 安装Savvy及其依赖项的最简单方法是使用 。 cget install --prefix < install> statgen/savvy # default <install> is ./cget/ 包括在项目中 CMakeLists.txt: # Configure with cmake option: -DCMAKE_TOOLCHAIN_FILE=<install>/cget/cget.cmake find_package (savvy REQUIRED ) add_execu
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savvy-master.zip (90个子文件)
savvy-master
dep
htslib.cmake 2KB
s1r_spec.md 4KB
packaging-dockerfile-ubuntu16 210B
.github
workflows
build_and_test.yml 694B
s1r_diagram.png 39KB
include
test
test_class.hpp 2KB
sav
export.hpp 339B
utility.hpp 862B
filter.hpp 11KB
index.hpp 335B
merge.hpp 368B
rehead.hpp 337B
head.hpp 331B
sort.hpp 5KB
concat.hpp 337B
import.hpp 380B
stat.hpp 420B
savvy
dictionary.hpp 2KB
armadillo_vector.hpp 1KB
vcf_reader.hpp 51KB
utility.hpp 10KB
endianness.hpp 3KB
csi.hpp 14KB
sample_subset.hpp 797B
writer.hpp 28KB
ublas_vector.hpp 647B
m3vcf_reader.hpp 18KB
s1r.hpp 41KB
file.hpp 4KB
variant_iterator.hpp 2KB
sav_reader.hpp 52KB
allele_status.hpp 450B
savvy.hpp 11KB
pbwt.hpp 1KB
typed_value.hpp 105KB
data_format.hpp 1KB
portable_endian.hpp 3KB
variant_group_iterator.hpp 9KB
sparse_vector.hpp 14KB
site_info.hpp 54KB
region.hpp 7KB
varint.hpp 7KB
reader.hpp 37KB
compressed_vector.hpp 15KB
sav1.hpp 4KB
eigen3_vector.hpp 2KB
m3vcf_spec.md 3KB
LICENSE 16KB
Doxyfile 112KB
sav_spec_v2.md 6KB
src
eval
main.cpp 19KB
test
linreg_ttest.cpp 37KB
slr_examples.cpp 7KB
savvy_speed_test.cpp 5KB
test_class.cpp 2KB
main.cpp 29KB
tcdf.hpp 2KB
sp_reg.cpp 25KB
sav
sav_sample_sort.cpp 3KB
rehead.cpp 9KB
merge.cpp 16KB
import.cpp 20KB
head.cpp 3KB
utility.cpp 3KB
sort.cpp 13KB
index.cpp 8KB
main.cpp 4KB
concat.cpp 8KB
export.cpp 36KB
stat.cpp 16KB
bcf2m3vcf.cpp 1KB
savvy
region.cpp 836B
m3vcf_reader.cpp 11KB
varint.cpp 3KB
vcf_reader.cpp 12KB
reader.cpp 4KB
site_info.cpp 1KB
utility.cpp 3KB
sav_reader.cpp 11KB
savvy.cpp 551B
requirements.txt 62B
doc
variant_group_iterator.md 2KB
genotype_matrix.md 3KB
.gitignore 266B
CMakeLists.txt 8KB
package-linux.sh 2KB
test_file.vcf 5KB
sav_spec.md 3KB
README.md 6KB
scripts
compare-gt-compression.sh 1KB
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素寰韶
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