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local_pca:沿基因组局部检查PCA的方法
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本地PCA /人口结构(本地) 如果使用此方法,请引用 : 本地PCA显示了人口结构的影响沿基因组的差异,韩丽和彼得·拉尔夫,遗传学,2019年1月1日,第一卷。 211号1 289-304。 @article {li2019local, author = {Li, Han and Ralph, Peter}, title = {Local PCA Shows How the Effect of Population Structure Differs Along the Genome}, volume = {211}, number = {1}, pages = {289--304}, year = {2019}, doi = {10.1534/genetics.118.301747}, publisher = {Genetics}, journal = {Genetics}
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local_pca:沿基因组局部检查PCA的方法 (357个子文件)
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chr2.bcf 7KB
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.gitignore 21B
.gitignore 17B
.gitignore 13B
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.gitignore 12B
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decode_female_chr7.gmap 72KB
refGene.txt.gz 1.83MB
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test.tped.gz 290B
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type_bp_size_100000_weights_none_npc_2_nmds_2.html 11.96MB
type_snp_size_10000_weights_none_npc_2_nmds_2.html 11.78MB
medicago_data_setup.html 3.66MB
example-run-summary.html 1.07MB
simple_example.html 307KB
run_summary.html 281KB
oregon.jpg 1.26MB
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maize_pca.jpg 172KB
mathieson-genome-scan.jpg 160KB
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Makefile 3KB
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notes.md 42KB
README.md 8KB
msp-notes.md 5KB
README.md 5KB
review-to-do.md 2KB
README.md 2KB
README.md 753B
README.md 205B
NAMESPACE 418B
small_skeleton.pbs 447B
skeleton.pbs 447B
sym_threeway_pca.pdf 88B
sym_threeway_corners.pdf 81B
Medicago_MDS_1D_and_gene_count.pdf 6.34MB
evolution-2017-talk.pdf 3.1MB
oxford-2016-local-pca-poster.pdf 2.44MB
drosophila-MDS-extract.pdf 1.23MB
FigS_Together_MDS_plot_allchr.pdf 879KB
FigS_pca_plot_allchr_human.pdf 504KB
Medicago_MDS_plot_allchr_win103_PCAk2.pdf 472KB
Medicago_MDS_plot_allchr_win103_PCAk5.pdf 465KB
drosophila_just_2R_3L.pdf 394KB
medicago_mds_gene_count_extract.pdf 296KB
Fig1_allchr_Together_MDS_plot_compact_with_ChrX_inv.pdf 275KB
Fig1_allchr_Together_MDS_plot_compact.pdf 274KB
MDS_allchr_Together_plot_samples_noinv.pdf 244KB
Fig1_allchr_Together_MDS_plot_PCAk5_sqrt.pdf 239KB
Fig1_allchr_Together_MDS_plot_PCAk5_win103.pdf 239KB
Fig1_allchr_Together_MDS_plot_PCAk5.pdf 238KB
FigS_plot_corner_pca-1_run_015598.pdf 215KB
drosophila_recomb_mds_for_talk.pdf 190KB
drosophila_just_recomb_mds.pdf 188KB
FigS_plot_corner_pca-1_run_016913.pdf 172KB
Fig3_pca_plots_color_by_inv_allchr_with_ChrX_In1A.pdf 168KB
Fig2_pca_plots_allchr_3peaks_label_update.pdf 162KB
FigS_Drosophila_missings_against_MDS1_win103.pdf 160KB
Drosophila_missings_against_MDS1_win103.pdf 160KB
FigS_PCA_chr8_outliers_combine_update.pdf 159KB
Fig6_Together_MDS_plot_chr3_final.pdf 133KB
FigS_plot_corners-1_run_015598.pdf 129KB
Fig2_pca_plots_allchr_3peaks_byMDS.pdf 127KB
FigS_plot_corners-1_run_031486.pdf 118KB
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