Gradle

Gradle CRADLE（校正读取计数和差异表达区域的分析）是一个软件包，用于分析STARR-seq数据。 CRADLE消除了超声处理，PCR，可映射性和G四联体结构中的技术偏见，并生成了具有正确读取计数的bigwigs文件。 然后，CRADLE使用这些更正的读取计数并检测激活和抑制的增强子。 CRADLE将帮助寻找具有更高准确性和可信度的增强剂。 安装 您可以使用pip或git仓库安装CRADLE。 使用点子 pip install cradle 推荐安装最新版本。 使用git仓库 git clone https://github.com/ReddyLab/CRADLE.git python setup.py install 依存关系 Gradle要求 - numpy (>= 1.14.3) - argparse (>= 1.1) - py2bit (>= 0.3.0) - pyB