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Smiles2Monomers:一种将化学结构依赖于生物结构的工具
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2021-05-10
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Smiles2Monomers 将化学结构链接到生物结构的工具 研究文章: “ Smiles2Monomers:聚合物的化学和生物结构之间的联系” Yoann Dufresne,LaurentNoé,ValérieLeclère和Maude Pupin 化学信息学杂志,2016年1月 概述 Smiles2Monomers是从聚合物的原子结构推断单体结构的软件。 通过两步算法预测结构。 首先,独立搜索所有候选单体,其次,将所有已建立的单体放到不重叠的切片中。 有关更多详细信息,请阅读文章。 为了在搜索过程中提高速度,我们决定预先计算一种搜索聚合物中每种单体的最佳方法的索引。 因此,必须按照边界规则刻划每个单体,并使用原子的频率对其进行排序。 要执行聚合物分析,需要几个文件: 单体文件:聚合物中的候选单体 聚合物文件:要分析的聚合物 规则文件:将单体链接在一起的规则 学习文件:该文件必
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Smiles2Monomers:一种将化学结构依赖于生物结构的工具 (119个子文件)
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cdk-1.4.19.jar 16.1MB
xerces.jar 1.23MB
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hamcrest-core.jar 44KB
json-simple-1.1.1.jar 23KB
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CoveragesJsonLoader.java 6KB
Modulation.java 6KB
HTMLColoredCoverageVue.java 6KB
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MonomericSpliting.java 6KB
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AtomContainerToNgraph.java 4KB
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Json2HTML.java 4KB
BondAdd.java 4KB
ResidueJsonLoader.java 4KB
Match.java 4KB
IsomorphismTests.java 4KB
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FamilyDB.java 3KB
IsomorphismFamilyMatcher.java 3KB
BlocsTests.java 3KB
FamilyChainIO.java 3KB
Polymer.java 3KB
MolTreeWidth.java 3KB
OverlapData.java 3KB
ResidueCreatorTests.java 2KB
AbstractJsonLoader.java 2KB
BonbMatchingTests.java 2KB
Coverages2HTML.java 2KB
ZipManager.java 2KB
HydrogenAdd.java 2KB
DeepenMatcher.java 2KB
Rule.java 2KB
FamilyChainsDB.java 2KB
OutputZiper.java 2KB
LoadersTests.java 2KB
Monomer.java 2KB
RulesJsonLoader.java 2KB
MonomersSerialization.java 2KB
AbstractChemicalObject.java 2KB
ResiduesDB.java 2KB
HTMLVueWriter.java 2KB
MonomersJsonLoader.java 2KB
PolymersTreeWidths.java 2KB
CompatibilityGraph.java 2KB
Planarity.java 2KB
HTMLMonomerShortVue.java 2KB
PictureCoverageGenerator.java 2KB
ContractedGraphTests.java 2KB
DB.java 2KB
AbstractLoader.java 1KB
ResiduesInfosGeneration.java 1KB
RemoveMostNeighboorsMatchs.java 1KB
PolymersToCanonicalSmiles.java 1KB
MappedBlocsTest.java 1KB
RemoveByDistance.java 1KB
CDKMoleculesTests.java 1KB
Neighborhood.java 1KB
PlanarityTest.java 1KB
Segment.java 1KB
TreeWidthTests.java 1KB
MySmilesTests.java 1KB
HTMLPeptidesCoverageVue.java 1KB
MonomerGraph.java 1KB
CompressionTests.java 878B
HTMLAbstractVue.java 760B
CoverageAtomColorer.java 678B
ChainAdd.java 537B
GLPK_test.java 535B
ColorsGenerator.java 510B
ExtendsNTimes.java 491B
OtherChemicalObject.java 491B
LabeledEdge.java 480B
CoveragesDB.java 425B
ChemicalObject.java 303B
FamilyMatcher.java 302B
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