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usb-modules-v2
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2021-02-17
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基本项目设立 假设新项目称为PROJ。 PROJ_DIR=PROJ mkdir $PROJ_DIR cd $PROJ_DIR 从这里开始,我们将假定您位于此$PROJ_DIR 。 克隆代码库 git clone https://github.com/charlottekyng/usb-modules-v2.git 如果您需要更新PROJ的代码库 cd usb-modules-v2 git pull 设置样本表 样本表(必填,默认为: samples.txt ),由一列样本名称组成。 SAMPLE1T SAMPLE1N SAMPLE2T SAMPLE2N SAMPLE3T1 SAMPLE3T2 SAMPLE3N 样本集( ANALYSIS_TYPE = SOMATIC所需,默认值: sample_sets.txt ,由上方样本表中的样本组成,每行包含给定个体的所有样本,生殖系样本最后,制
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usb-modules-v2 (289个子文件)
TVC_somatic_parameters.json.bak 2KB
extract_pass_vcf.pl.bak 875B
snpEff.config 9.02MB
Makefile.inc 21KB
config.inc 14KB
hg38_gallus6a.inc 3KB
hg38_GRCm38.inc 3KB
hg38.inc 3KB
b37_hbv_hcv.inc 3KB
b37.inc 3KB
b37_hbv_hcv_GRCm38.inc 3KB
b37_GRCm38.inc 3KB
somaticVariantCaller.inc 2KB
resources.inc 2KB
variantCaller.inc 2KB
hg19_ionref.inc 2KB
GRCm38.inc 1KB
common.inc 874B
align.inc 843B
HCC20160511.inc 820B
AGILENT_CLINICAL_EXOME.inc 767B
AGILENT_CLINICAL_EXOME.inc 767B
AGILENT_CLINICAL_EXOME.inc 767B
AGILENT_CLINICAL_EXOME.inc 767B
WXS.inc 747B
WXS.inc 747B
AGILENT_ALLEXON_V6.inc 747B
AGILENT_ALLEXON_V6.inc 747B
WXS.inc 747B
AGILENT_ALLEXON_V6.inc 747B
AGILENT_ALLEXON_V6.inc 747B
AGILENT_ALLEXON_V4.inc 742B
AGILENT_ALLEXON_V4.inc 742B
AGILENT_ALLEXON_V4.inc 742B
AGILENT_ALLEXON_V4.inc 742B
AGILENT_ALLEXON_V6_COSMIC.inc 734B
AGILENT_CRE_V1.inc 734B
AGILENT_ALLEXON_V6_COSMIC.inc 734B
AGILENT_CRE_V1.inc 734B
AGILENT_ALLEXON_V6_COSMIC.inc 734B
AGILENT_CRE_V1.inc 734B
AGILENT_ALLEXON_V7.inc 730B
AGILENT_ALLEXON_V7.inc 730B
AGILENT_ALLEXON_V7.inc 730B
AGILENT_CRE_V2.inc 707B
BRCAIAD109552.inc 706B
AGILENT_ALLEXON_V7.inc 701B
AGILENT_ALLEXON_V6.inc 699B
AGILENT_ALLEXON_V6.inc 699B
AGILENT_ALLEXON_V6.inc 699B
CCPv3.inc 674B
TWIST_CUSTOM_EXOME_ROUSSY.inc 672B
SEQCAP_EXOME_V3.inc 662B
SEQCAP_EXOME_V3.inc 662B
SEQCAP_EXOME_V3.inc 662B
SEQCAP_EXOME_V3.inc 662B
AGILENT_CRE_V2.inc 659B
AGILENT_CRE_V2.inc 659B
AGILENT_CRE_V2.inc 659B
TWIST_HUMAN_CORE_EXOME.inc 632B
AGILENT_ALLEXON_MOUSE.inc 603B
AmpliSeqExome20031001.inc 473B
CCPv2003.inc 460B
NovartisPC2.inc 412B
CHPv2.inc 366B
IMPACT341.inc 132B
Impact410.inc 131B
strelka_config_bwa_default.ini 4KB
configureStrelkaSomaticWorkflow.py.ini 3KB
configureStrelkaGermlineWorkflow.py.ini 606B
TVC_somatic_parameters_sensitive.json 3KB
TVC_somatic_parameters.json 3KB
runNMF.m 2KB
plotNMF.m 588B
createNMFinput.m 489B
Makefile 11KB
Makefile_template_agilentallexonv6 751B
Makefile_template_all_basic_options 1KB
Makefile_template_iontorrent_comprehensive_panel 671B
Makefile_template_rnaseq_xenografts 1KB
README.md 31KB
vcftools.mk 30KB
bamMetrics.mk 15KB
gatk_obsolete.mk 13KB
gatk.mk 12KB
vcftools_nontvc.mk 9KB
processBam.mk 8KB
vcftools_tvc.mk 7KB
facets.mk 6KB
varscanCNV.mk 6KB
mutect2.mk 6KB
pyclone.mk 6KB
starAligner.mk 5KB
cnvkit.mk 5KB
varscanTN.mk 5KB
facets_poolednorm.mk 5KB
pon.mk 4KB
absoluteSeq.mk 4KB
fastq.mk 4KB
screenHotspot.mk 3KB
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林文曦
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