HapCol:快速无间断读取的单倍型组装的快速且高效存储的方法

HapCol 一种快速且记忆有效的方法，可通过长无间隙读取来进行单倍型组装，例如SMRT测序技术（PacBio RS II）和牛津纳米Kong流通池技术（MinION）产生的读取。 HapCol为k约束的最小错误校正问题（k-cMEC）实现了固定参数算法，这是众所周知的MEC问题的一种变体，其中每列的最大校正数以整数k为界。 尽管HapCol与其他精确的最新组合方法一样准确，但它比它们具有更快的速度和更高的内存效率。 此外，在标准工作站/小型服务器上，HapCol能够处理由长读（超过10万bp长）和覆盖率高达25倍组成的数据集，而其他方法无法处理长读或覆盖率大于20倍的覆盖率。 参考 该算法的详细说明，以及与其他最新的单倍型装配工具的实验比较显示在： Yuri Pirola *，Simone Zaccaria *，Riccardo Dondi，Gunnar W.Klau，Nadia