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将相似序列(* .fasta)与参考(.fasta)进行比较。 请参阅以下示例报告: : 设置 Nextflow用于运行管道。 它的安装说明,可以发现或通过安装的方式 。 Bioconda包括位于的完整设置指南。 安装完成并配置通道后,请运行: conda install nextflow 用法 使用nextflow执行工作流程: nextflow run brwnj/idplot -latest -with-docker \ --reference data/MN996532.fasta \ --fasta 'data/query_seqs/*.fasta' 通常只需几分钟即可完成,从而可以快速筛选局部序列相似性。 参数 参考序列( --reference )应该是仅包含一个序列的--reference 。 查询序列( --fasta )可以是单个序列文件,也
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idplot-master.zip (24个子文件)
idplot-master
.gitignore 26B
templates
jsontofasta.py 1KB
idplot.py 48KB
nextflow.config 1020B
data
query_seqs
MN908947.fasta 29KB
DQ022305.fasta 29KB
MG772933.fasta 29KB
AY278741.fasta 29KB
KF367457.fasta 30KB
FJ425189.fasta 30KB
MN996532.fasta 29KB
img
dendrograms.png 107KB
seqs.png 82KB
gardtrack.png 58KB
ani.png 48KB
gff.png 162KB
refinements.png 70KB
ncbi.png 283KB
msa.png 63KB
LICENSE 1KB
main.nf 4KB
README.md 5KB
index.html 1.21MB
docker
Dockerfile 351B
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