没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
BamQC:映射的质量控制分析程序
共203个文件
java:123个
html:21个
sam:12个
需积分: 50 0 下载量 158 浏览量
2021-05-18
20:32:54
上传
评论
收藏 4.23MB ZIP 举报
温馨提示
BamQC BAM文件的质量控制应用程序 BamQC是一个应用程序,它使用包含映射数据的BAM文件并对其进行一系列测试以生成全面的QC报告。 这将帮助您理解数据,并告诉您所分析的文件是否存在异常。 每个测试都被标记为通过,警告或失败,具体取决于它与正常的大型数据集的期望值相差多少,且没有明显的偏差。 需要强调的是,警告甚至故障不一定表示您的数据存在问题,而仅是不寻常的问题。 样品的生物学性质可能意味着您期望结果中存在这种特殊偏差。 交互式图形或命令行 BamQC既可以作为交互式图形应用程序运行,也可以让您在单个应用程序中查看多个文件的结果。 或者,您可以以非交互方式运行该程序(例如,作为管道的一部分),该程序将为您处理的每个文件生成HTML报告。 跨平台Java BamQC是一个用Java编写的跨平台应用程序。 从理论上讲,它应该在具有合适的Java运行时环境的任何平台上运行。 已在运
资源推荐
资源详情
资源评论
收起资源包目录
BamQC:映射的质量控制分析程序 (203个子文件)
bamqc 14KB
run_bamqc.bat 207B
.gitignore 456B
.gitignore 159B
.gitignore 3B
example_annot.gtf 8KB
1 Basic Statistics.html 4KB
4.1 BamQC Preferences.html 3KB
header_template.html 3KB
2.2 Opening a Sequence File.html 2KB
5.1 Common Problems.html 2KB
2.1.1 Selecting a Genome.html 1KB
2.1 Setting an Annotation.html 1KB
5.2 Reporting Bugs.html 1KB
1.1 What is BamQC.html 1KB
2.4 Saving a Report.html 1KB
2.3 Evaluating Results.html 1KB
2 Genome Coverage.html 1KB
9 Mapping Quality Distribution.html 870B
3 Chromosome Read Density.html 833B
10 Insert Length Distribution.html 777B
4 Feature Coverage.html 745B
8 SNP Frequencies by Type.html 726B
6 Indel Frequencies.html 713B
2.1.2 Importing Annotation from GFF or GTF Files.html 710B
7 SNP Frequencies.html 686B
5 Soft Clip Length Distributions.html 629B
bamqc_icon.ico 2KB
commons-math3-3.5.jar 1.94MB
sam-1.103.jar 630KB
log4j-1.2.16.jar 470KB
commons-lang3-3.4.jar 424KB
junit-4.11.jar 239KB
jbzip2-0.9.1.jar 53KB
hamcrest-core-1.3.jar 44KB
Base64.java 85KB
CigarMDGenerator.java 35KB
VariantCallDetection.java 29KB
BamQCApplication.java 17KB
BamQCPreferences.java 17KB
VariantCallDetectionTest.java 17KB
ScatterGraph.java 15KB
GenomeParser.java 15KB
BasicStatistics.java 13KB
LineWithHorizontalBarGraph.java 13KB
HTMLReportArchive.java 12KB
GFF3AnnotationParser.java 12KB
GTFAnnotationParser.java 11KB
GenomeCoverage.java 11KB
IndelFrequencies.java 10KB
AnalysisRunner.java 9KB
LineGraph.java 9KB
BamQCMenuBar.java 9KB
SeparateLineGraph.java 9KB
BamQCListGenomes.java 9KB
SNPFrequencies.java 8KB
GenomeDownloader.java 8KB
BamQCConfig.java 8KB
EditPreferencesDialog.java 8KB
CompactScatterGraph.java 8KB
BarGraph.java 8KB
GenomeSelector.java 8KB
SNPFrequenciesByType.java 8KB
OfflineRunner.java 8KB
StackedHorizontalBarGraph.java 7KB
InsertLengthDistribution.java 7KB
QualityBoxPlot.java 7KB
ChromosomeReadDensity.java 7KB
HorizontalBarGraph.java 7KB
RpkmReference.java 7KB
ResultsPanel.java 7KB
FormatNumber.java 7KB
Location.java 6KB
BamQCTitlePanel.java 6KB
SoftClipDistribution.java 6KB
DownloadableGenomeSet.java 6KB
ModuleConfig.java 6KB
GenomeDownloadSelector.java 6KB
SplitLocation.java 5KB
BaseGroup.java 5KB
CigarMD.java 5KB
FeatureSubclass.java 5KB
InsertLengthDistributionTest.java 5KB
ProtoFeature.java 5KB
MappingQualityDistribution.java 5KB
FeatureCoverageTest.java 5KB
UpdateChecker.java 5KB
HelpSearchPanel.java 5KB
TileGraph.java 5KB
LinearRegression.java 5KB
AnnotationParser.java 5KB
BAMFile.java 5KB
ChromosomeDensityTest.java 5KB
HotColdColourGradient.java 5KB
SimpleStats.java 5KB
BasicStatisticsTest.java 4KB
FeatureCoverage.java 4KB
HelpIndexRoot.java 4KB
CalculateDistribution.java 4KB
Chromosome.java 4KB
共 203 条
- 1
- 2
- 3
资源评论
SouravGoswami
- 粉丝: 22
- 资源: 4531
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功