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blastplus-parsing:解析爆炸报告的分类组成
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2021-06-06
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自述文件 来自 BLAST 2.2.28+ 及更高版本的顶部爆炸命中的琐碎、快速和肮脏的水平条形图。 采用四个参数:以表格格式 (-outfmt 6) 输出的blastplus,列号。 对于分类描述 (sscinames)、要绘制的分类群数量以及绘图的 filename.extension。 请注意,这取决于 BLAST 2.2.28+ 及更高版本中的“sscinames”选项,该选项给出了爆炸命中的科学名称分类群名称。 # e.g. blast invocation placing scientific names (sscinames) in the 13th column: blastx -query query.fasta -db refseq_protein -max_target_seqs 1 -outfmt " 6 qseqid sseqid pident length
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blastplus-parsing-master.zip (12个子文件)
blastplus-parsing-master
contam.png 36KB
tests_blastplus_taxa_barh.py 1KB
__init__.py 0B
LICENSE 34KB
blastplus_taxa_barh.py 2KB
README.md 2KB
taxa_plot.png 34KB
test_data
outfmt6.all.uniq 148KB
test_series.pkl 869B
test_frame.pkl 188KB
parse_blast_tax_names_eg.ipynb 68KB
Untitled0.ipynb 100KB
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吴玄熙
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