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pyphe:用于阵列微生物菌落表型分析的Python工具箱
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2021-04-08
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欢迎使用pyphe工具箱 斯蒂芬·卡姆拉德(Stephan Kamrad)(crick.ac.uk上的stephan.kamrad)编写的用于阵列微生物菌落表型分析的python工具箱。 要快速浏览,请参阅我们的。 有关更详细的实验方案,包括生长曲线和活力测定,请参见我们的实验。 有关更多背景信息,请参阅我们的。 请引用为: Kamrad,S.,Rodríguez-López,M.,Cotobal,C.,Correia-Melo,C.,Ralser M.,BählerJ.(2020年)。 Pyphe,用于评估高通量菌落筛选中微生物生长和细胞活力的python工具箱。 eLife 9:e55160 安装 大多数工具都是跨平台兼容的,但是扫描只能在Linux OS上进行。 扫描仪需要可以访问,并且需要安装并可以从命令行访问。 Pyphe需要Python 3和一些常见的软件包,可通过
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pyphe-master.zip (72个子文件)
pyphe-master
setup.py 1KB
.gitignore 32B
icons
toolbox-72dpi_white.png 13KB
toolbox-72dpi_tp.png 13KB
gui.png 24KB
toolbox_icon-01.png 16KB
bin
pyphe-interpret.bat 279B
pyphe-quantify 9KB
pyphe-analyse.bat 277B
pyphe-analyse-gui 2KB
pyphe-growthcurves.bat 282B
pyphe-scan-timecourse 3KB
pyphe-analyse 4KB
pyphe-scan 3KB
pyphe-growthcurves 3KB
pyphe-interpret 4KB
pyphe-quantify.bat 278B
Documentation
Growthcurves
example_data_results.csv 4KB
example_data_curves.pdf 39KB
example_data.csv 120KB
Scan
cuttingVectors_fixture_som3.svg 5KB
cuttingVectors_fixture_petrieDishes.svg 2KB
Examples
example1_getting-started
images
p3.jpg 570KB
p4.jpg 650KB
p2.jpg 644KB
p1.jpg 659KB
analyse_qc
p2_valine.pdf 195KB
p3_glycine.pdf 199KB
p4_arginine.pdf 193KB
p1_ammonium.pdf 192KB
qc_images
qc_p2.jpg.png 5.13MB
qc_p3.jpg.png 4.7MB
qc_p4.jpg.png 5.33MB
qc_p1.jpg.png 5.37MB
commands.txt 414B
pyphe-quantify-report_reps.csv 113KB
EDT.csv 392B
Layout.csv 9KB
pyphe_quant
p4.jpg.csv 160KB
p2.jpg.csv 163KB
p3.jpg.csv 162KB
p1.jpg.csv 165KB
pyphe-quantify-report_summaryStats.csv 73KB
pyphe-analyse_data_report.csv 1.05MB
LICENSE 1KB
README.md 28KB
pyphe
quantify.py 16KB
__init__.py 0B
analysis.py 29KB
scan.py 6KB
__pycache__
quantify.cpython-37.pyc 5KB
interpret.py 6KB
growthcurves.py 8KB
.gitattributes 119B
test
example-pipeline.sh 487B
edt.csv 161B
images
p1_72.jpg 544KB
p1_53.jpg 506KB
p1_91.jpg 561KB
timepoints.txt 17B
qc_images
qc_p1_91.jpg.png 4.84MB
qc_p1_72.jpg.png 4.71MB
qc_p1_53.jpg.png 4.41MB
example-pipeline.bat 507B
pyphe-quantify-report_reps.csv 98KB
timecourse_quant
p1_91.jpg.csv 89KB
pyphe_quant
p1_53.jpg.csv 163KB
p1_72.jpg.csv 164KB
p1_91.jpg.csv 165KB
layout_wide.csv 9KB
pyphe-quantify-report_summaryStats.csv 59KB
pyphe-analyse_data_report.csv 661KB
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MachineryLy
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