Hamstr:用于在EST和蛋白质中进行定向直系同源物搜索的工具-开源

HaMStR已移至https://github.com/bionf/hamstr，现在已成为HaMStR-OneSeq软件包的一部分。 HaMStR是基于配置文件隐藏马尔可夫模型的工具，用于在EST或蛋白质序列数据中进行定向直向同源物搜索。 该程序将预定义的直系同源序列核心组（核心直系同源物）和来自搜索分类单元的一组序列作为输入。 然后，HaMStR在两步策略中结合了基于pHMM的搜索和通过BLAST进行的反向搜索，以使用搜索分类中的新序列扩展核心直系同源物组。