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华夫 WAAFLE(A,带orkflow至A nnotate甲ssemblies和F IND大号GT事件)是用于查找新的LGT(横向基因转移)在组装宏基因组,包括那些来自人微生物组事件的方法。 WAAFLE是由Tiffany Hsu和Eric A. Franzosa在哈佛大学Chan Chan公共卫生学院的开发的。 请将问题直接发送到的。 引文 蒂芙尼·许(Tiffany Y.Hsu),埃里克·弗朗索萨(Eric A. 人类微生物组中新型横向基因转移事件的概况。 (准备中) (虽然WAAFLE尚未发布,但是如果您在工作中使用WAAFLE或下面提供的数据集,请引用此网站: : 。) 安装 使用pip安装WAAFLE软件和Python依赖项: $ pip install waafle 您还可以从Mercurial( hg )的bitbucket中克隆WAAFLE软件包: $ git c
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waafle-master.zip (32个子文件)
waafle-master
setup.py 1019B
website
webfig2.png 155KB
website.md 8KB
webfig1.png 26KB
webfig3.png 147KB
LICENSE.txt 1KB
waafle
waafle_junctions.py 15KB
__init__.py 28B
waafle_search.py 4KB
waafle_genecaller.py 8KB
utils.py 19KB
waafle_orgscorer.py 35KB
waafle_qc.py 6KB
README.md 15KB
demo
output_prodigal
demo_contigs.prodigal.unclassified.tsv 212B
demo_contigs.prodigal.no_lgt.tsv 35KB
demo_contigs.prodigal.lgt.tsv 3KB
demo_contigs.prodigal.gff 211KB
output
demo_contigs.no_lgt.tsv 30KB
demo_contigs.lgt.tsv 6KB
demo_contigs.gff 29KB
demo_contigs.blastout 170KB
demo_contigs.unclassified.tsv 85B
input
demo_waafledb
demo_waafledb.nhr 11.38MB
demo_waafledb.nin 1.15MB
demo_waafledb.nsq 20.64MB
demo_contigs.fna 870KB
demo_taxonomy.tsv 11KB
docs
waafle_webfig1_for_wiki.png 26KB
demo.md 20KB
HISTORY.md 177B
test
run_demo.sh 452B
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少女壮士
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