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proteomicsTumorDeconv:一套用于评估指标以比较基于蛋白质的肿瘤反卷积算法功效的科学工作流程
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2021-02-16
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蛋白质组学肿瘤反卷积指标 一套用于评估指标的科学工作流程,以比较基于蛋白质的肿瘤反卷积算法的功效。 该项目的目标是标准化各种肿瘤反卷积数据集的分析和比较,以比较它们与不同参数的功效。 跑步 该存储库包含比较肿瘤解卷积算法所需的所有工具。 到目前为止,我们专注于比较蛋白质组学与mRNA的测量,并通过Spearman Rank统计量来评估它们之间的相关性。 要评估并查看结果,您可以: cd perfEval cwltool scatter-test.cwl scatter-test.yml 这将在我们的测试YAML文件中运行评估。 要更新参数,请创建自己的YAML文件。 该算法当前具有五个参数: mrna-算法:用于反卷积mRNA数据的算法列表。 epic , xcell , cibersort , mcpcounter 。 prot算法:用于对蛋白质数据进行反卷积的算法列表。 epi
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proteomicsTumorDeconv-main.zip (92个子文件)
proteomicsTumorDeconv-main
mRNAData
Dockerfile 203B
mrna-data-cwl-tool.cwl 658B
tests
unit_tests.py 0B
queryGDC.py 5KB
mRNADataSetsCLI.py 2KB
README.md 2KB
getAllDatasets.py 185B
arch.png 58KB
perfEval
figures
Dockerfile 183B
plot-figs.cwl 612B
combine_results.R 3KB
combinedCellTypeCorrelationTab.tsv 13KB
prot-deconv.cwl 2KB
scatter-test.yml 252B
cibersort-bug.yml 203B
mrna-deconv.cwl 2KB
README.md 1KB
scatter-test.cwl 2KB
correlations
Dockerfile 231B
correlationXcelltypes.py 2KB
correlation.py 2KB
deconv-corrXcelltypes-cwl-tool.cwl 1KB
deconv-corr-cwl-tool.cwl 1KB
call-deconv-and-cor.cwl 2KB
LICENSE 1KB
protData
prot-data-cwl-tool.cwl 663B
protDataSetsCLI.py 2KB
Dockerfile 235B
pdc
queryPDCfiles.py 8KB
Dockerfile 220B
slim_file.tsv 1.87MB
file.tsv 20.35MB
README.md 3KB
getAllDatasets.py 185B
tumorDeconvAlgs
deconrnaseq
Dockerfile 1013B
cibersortx
run-cibersortx-tool.cwl 2KB
mcpcounter
mcpcounter.r 2KB
run-mcpcounter-tool.cwl 843B
Dockerfile 1KB
cibersort
run-cibersort-tool.cwl 862B
Dockerfile 931B
cibersort.r 8KB
xcell
Dockerfile 949B
run-xcell-tool.cwl 838B
xcell.r 2KB
epic
run-epic-tool.cwl 839B
Dockerfile 950B
epic.r 2KB
imputation
imputation-tool.cwl 547B
imputation-input.yml 70B
DreamAI.R 1KB
Dockerfile 1KB
test-data.csv 25KB
NULL 48B
README.md 1KB
.gitignore 4KB
signature_matrices
PBMC.txt 198KB
LM22.txt 143KB
LM7c.txt 100KB
LM9.txt 60KB
.circleci
config.yml 2KB
README.md 4KB
index.md 23B
manuscript
content
images
orcid.svg 686B
twitter.svg 1008B
github.svg 1KB
fig0_overview.afdesign 17KB
metadata.yaml 603B
02.introduction.md 186B
00.front-matter.md 2KB
90.back-matter.md 103B
05.discussion.md 146B
04.methods.md 551B
03.results.md 875B
manual-references.json 370B
01.abstract.md 1008B
SETUP.md 15KB
.github
workflows
manubot.yaml 2KB
ci
install-spellcheck.sh 419B
deploy.sh 3KB
.gitignore 110B
README.md 441B
output
README.md 1KB
USAGE.md 20KB
LICENSE.md 17KB
.gitignore 560B
webpage
images 15B
index.html 19B
manuscript.pdf 23B
README.md 2KB
README.md 6KB
LICENSE-CC0.md 7KB
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崔迪潇
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