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MuffinEC:针对NGS数据的多技术INDEL感知纠错-开源
共55个文件
h:38个
cpp:10个
makefile:2个
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2021-04-29
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MuffinEC是一种纠错软件,能够处理所有类型的错误(插入删除,不匹配和未知碱基)。 它正式支持四种技术(Illumina,454,Ion Torrent和PacBio-实验性),并且还具有针对其他技术(旧的和/或新的)的通用设置。 它在LGPL 3.0版下发布。 由于其OpenMP实施,MuffinEC可以使用多核系统。 我们正在开发第二版的MuffinEC。 测试版已经在线提供。 所做更改将在VERSION_HISTORY文件中列出。 请通过README文件中指定的电子邮件地址报告您可能遇到的任何问题。 非常感谢您的帮助。
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muffinec-2.0b.zip (55个子文件)
muffinec-2.0b
consensus.h 33KB
README.txt 8KB
errcorr.h 22KB
util.h 8KB
util.cpp 14KB
errcorr.cpp 3KB
statistics.cpp 3KB
ktbl.h 39KB
intervalConstraint.h 3KB
globalParams.h 8KB
tclap
StandardTraits.h 4KB
Visitor.h 1KB
DocBookOutput.h 8KB
HelpVisitor.h 2KB
ArgException.h 5KB
XorHandler.h 4KB
CmdLineOutput.h 2KB
ValueArg.h 14KB
MultiArg.h 12KB
CmdLineInterface.h 4KB
Arg.h 17KB
SwitchArg.h 7KB
Makefile.am 577B
Makefile.in 12KB
UnlabeledMultiArg.h 9KB
Constraint.h 2KB
ArgTraits.h 3KB
VersionVisitor.h 2KB
OptionalUnlabeledTracker.h 2KB
ValuesConstraint.h 3KB
Makefile 12KB
ZshCompletionOutput.h 8KB
StdOutput.h 8KB
MultiSwitchArg.h 5KB
CmdLine.h 14KB
UnlabeledValueArg.h 11KB
IgnoreRestVisitor.h 1KB
globalParams.cpp 2KB
io
fastr.cpp 8KB
fastw.cpp 6KB
fastr.h 4KB
fastw.h 3KB
greedygrouping.cpp 4KB
main.cpp 56KB
greedyn.h 409B
muffinec.pro 1KB
greedyn.cpp 193B
distance.cpp 1KB
Makefile 1KB
VERSION_HISTORY 901B
statistics.h 8KB
greedygrouping.h 17KB
neighborhood.h 9KB
neighbasmctrl.h 1KB
distance.h 28KB
共 55 条
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Dr熊吉
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