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ProteinEvolverABC:通过近似贝叶斯计算估计蛋白质序列比对中的重组和取代率
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2021-03-14
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蛋白质进化者 通过近似贝叶斯计算估计蛋白质序列比对中的重组和取代率 软件包ProteinEvolverABC是一个计算机框架,可通过近似贝叶斯计算来估计蛋白质序列多个比对中的重组和取代率。 该框架基于模拟器ProteinEvolver的特殊版本,该模拟器通过重组(包括各种迁移模型,人口统计学和用户指定的种群/物种树)和蛋白质在不同替代模型下的进化来实现合并。 可以从比对中收集有关进化过程的信息,总共可以计算出16个摘要统计量。 然后,ProteinEvolverABC可以通过拒绝和回归方法在近似贝叶斯计算(ABC)下估计参数。 该框架已通过广泛的计算机仿真进行了验证。 该软件包在C,perl和R中实现,并且可以在Linux和Mac OS上运行。 它包括用Java编写的图形用户界面。 方便地,仿真可以选择在用户指定数量的处理器上并行运行。 该软件包包括详细的文档(建议您在使用该程序之前阅
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ProteinEvolverABC:通过近似贝叶斯计算估计蛋白质序列比对中的重组和取代率 (131个子文件)
ProteinEvolverProtABC1.2.0 891KB
ProteinEvolverProtABC1.2.0 653KB
ProteinEvolverProtABC1.2.0 653KB
ProteinEvolverProtABC1.2.0 653KB
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SSsimulations.csv 57KB
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PSimulations.csv 8KB
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global.h 2KB
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ProteinEvolverABC_GUI.jar 424KB
ProteinEvolverABC_GUI.jar 424KB
ProteinEvolverABC_GUI.jar 424KB
ProteinEvolverABC_GUI.jar 424KB
ProteinEvolverABC_GUI.java 1.45MB
LICENSE 18KB
Makefile 2KB
Makefile 2KB
Makefile 725B
Makefile 327B
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main.o 12KB
graphCode.o 10KB
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stats.o 6KB
maxChi.o 5KB
phylip.o 5KB
fasta.o 4KB
mem.o 2KB
misc.o 2KB
global.o 2KB
pairScore.o 2KB
queue.o 2KB
normal.o 2KB
ProteinEvolverABC1.0.manual.pdf 686KB
Scaterplots_SStatsVSParams.pdf 30KB
Posteriors_rejection.pdf 17KB
Histograms_SStats.pdf 15KB
Posteriors_loclinear.pdf 10KB
PCA_SStats.pdf 6KB
Histogram_PriorSubstitution.pdf 6KB
Histogram_PriorRecombination.pdf 6KB
Histogram_PriorRho.pdf 6KB
Histogram_PriorTheta.pdf 5KB
Phi 56KB
Phi 49KB
Phi 49KB
Phi 49KB
Phi 49KB
ProtSeq1.phy 21KB
ProteinEvolverABC_Phase1.pl 91KB
SummS_from_AA_Data_NoIndels.2.pl 31KB
SummS_from_AA_Data.2.pl 30KB
ProteinEvolverABC_Phase4.pl 21KB
ProteinEvolverABC_Phase2.pl 10KB
ProteinEvolverABC_Phase3.pl 8KB
Prepare_Files_for_ABC.2.pl 4KB
ComputeProtSSfromRealData_NoIndels.pl 3KB
ComputeProtSSfromRealData.pl 3KB
ComputeSSfromSimulatedData_NoIndels.pl 3KB
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蓝色山脉
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