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eggnog-mapper:通过正交分配快速进行全基因组功能注释
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2021-05-01
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概述 EggNOG-mapper是一种用于对新序列进行快速功能注释的工具。 它使用来自eggNOG数据库( )的预先计算的直系同源基因组和系统发育树,仅从细粒度直系同源基因中转移功能信息。 eggNOG-mapper的常见用途包括注释新的基因组,转录组甚至宏基因组基因目录。 使用正交预测作为功能注释的方法比传统的同源搜索(即BLAST搜索)具有更高的精度,因为它避免了从紧密的旁系同源物转移注释(重复的基因更有可能参与功能差异)。 将不同的eggNOG-mapper选项与BLAST和InterProScan进行比较的基准。 EggNOG-mapper也可以作为公共在线资源获得: ://eggnog-mapper.embl.de 文献资料 引文 如果您使用此软件,请引用: [1] Fast genome-wide functional annotation through orth
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eggnog-mapper:通过正交分配快速进行全基因组功能注释 (220个子文件)
diamond_0.9.24 6.55MB
diamond_2.0.4 13.03MB
alimask 708KB
all 1KB
all_broad 141B
all_narrow 6KB
test.emapper.annotations 2KB
test.emapper.annotations 2KB
bact.emapper.annotations 2KB
test_mmseqs.emapper.annotations 2KB
test_output.emapper.annotations 2KB
test_no_search.emapper.annotations 1KB
archaea 149B
auto 3B
auto_broad 9B
bacteria 850B
bacteria_broad 353B
tax_scope.bacteria_broad 353B
setup.cfg 1KB
eggnog.db 18.66MB
eggnog.taxa.db 88KB
contig.0.hits.mmseqs.db 2KB
mmseqs.db 1KB
contig.0.hits.mmseqs.db_h 51B
mmseqs.db_h 40B
mmseqs.db.dbtype 4B
contig.0.hits.mmseqs.db_h.dbtype 4B
mmseqs.db_h.dbtype 4B
contig.0.hits.mmseqs.db.dbtype 4B
diamond 13B
eggnog_proteins.dmnd 3.44MB
contig.dmnd 2KB
esl-afetch 596KB
esl-alimanip 943KB
esl-alimap 604KB
esl-alimask 677KB
esl-alimerge 658KB
esl-alipid 614KB
esl-alistat 667KB
esl-cluster 424KB
esl-compalign 604KB
esl-compstruct 587KB
esl-construct 604KB
esl-histplot 400KB
esl-mask 778KB
esl-reformat 792KB
esl-selectn 241KB
esl-seqrange 770KB
esl-seqstat 773KB
esl-sfetch 816KB
esl-shuffle 797KB
esl-ssdraw 813KB
esl-stranslate 774KB
esl-weight 664KB
eukaryota 251B
eukaryota_broad 165B
COG0012.fa 1.67MB
COG0417.fa 493KB
test_queries.md5.fa 2KB
test_pfam_groups.fa 2KB
test_queries.fa 1KB
out.emapper.genepred.fasta 5KB
out.emapper.genepred.fasta 5KB
out.emapper.genepred.fasta 2KB
contig.fna 5KB
test_queries.fna 2KB
out.emapper.genepred.gff 5KB
out.emapper.short.genepred.gff 5KB
out.emapper.genepred.gff 5KB
out.emapper.genepred.gff 839B
out.emapper.genepred.gff 487B
out.emapper.genepred.gff 481B
test.emapper.genepred.gff 273B
.gitignore 67B
.gitkeep 0B
Pfam-A.clans.tsv.gz 298KB
Pfam-A.hmm.h3f 192KB
bact.hmm.h3f 92KB
bact.hmm.h3f 92KB
Pfam-A.hmm.h3i 708B
bact.hmm.h3i 207B
bact.hmm.h3i 207B
Pfam-A.hmm.h3m 393KB
bact.hmm.h3m 250KB
bact.hmm.h3m 250KB
Pfam-A.hmm.h3p 461KB
bact.hmm.h3p 294KB
bact.hmm.h3p 294KB
Pfam-A.hmm 947KB
bact.hmm 603KB
bact.short.hmm 6KB
bact.emapper.hmm_hits 191B
bact.hmmsearch.hmm_hits 190B
bact.phmmer.hmm_hits 176B
hmmalign 1.27MB
hmmbuild 1.31MB
hmmc2 1.2MB
hmmconvert 887KB
hmmemit 1.27MB
hmmerfm-exactmatch 214KB
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鸡糟的黄医桑
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