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hotspots:识别癌症中的复发性突变
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2021-05-07
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#识别癌症中的复发性突变 软件和数据集 描述: 这是一种基于二项式统计模型来识别癌症中人群规模复发性突变的方法,该模型结合了潜在的突变过程,包括核苷酸背景突变,基因特异性突变率和热点突变出现的主要预期模式 依存关系: 需要R版本3.0.2或更高版本安装依赖包( data.table , IRanges , BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 ),如下所示: install.packages("data.table") source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("IRanges","BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19") ####用法: ./hotspot_algo.R --input-maf=[REQUIRED: mutation file] --rdata=[
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hotspots-master.zip (12个子文件)
hotspots-master
genes_of_interest.txt 44B
hotspot_algo.R 7KB
funcs.R 25KB
LICENSE.txt 34KB
make_trinuc_maf.py 2KB
README.md 3KB
minimalist_test_maf.txt 86.28MB
publication_hotspots.tsv 39KB
publication_hotspots.bed 28KB
hotspot_algo.Rdata 12.26MB
LINK_TO_MUTATIONAL_DATA 5KB
publication_hotspots.vcf 42KB
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善音
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