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GALLO:这是CRAN R软件包系统信息库的只读镜像。 GALLO —位置候选LOci的家畜基因组注释。 主页
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GALLO:位置候选LOci的家畜基因组注释 用于位置候选LOci(GALLO)的家畜基因组注释是一种R包,旨在为基因和QTL注释以及来自多个数据源的数据集成提供简单的环境。 GALLO还可使用从QTL注释步骤获得的输出直接执行QTL富集分析。 此外,GALLO还提供了一组用于图形化可视化的功能,用于注释,比较,集成和QTL富集结果。 因此,GALLO是一个有用的程序包,用于注释,跨数据集识别隐藏模式,先前报告的关联的数据挖掘以及对复杂性状遗传结构的有效审查。 要求 取决于: R(> = 3.5.0) 导入: circlize,DT,data.table,doParallel,dplyr,dynamicTreeCut,ggplot2,图形,grDevices,foreach,lattice,parallel,RColorBrewer,rtracklayer,stats,stringer,
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GALLO-master.zip (59个子文件)
GALLO-master
man
find_genes_qtls_around_markers.Rd 2KB
QTLwindows.Rd 1KB
QTLmarkers.Rd 1KB
relationship_plot.Rd 3KB
sub_qtl_markers.Rd 790B
Global.Rd 193B
gffQTLs.Rd 806B
sub_qtlEnrich_chrom.Rd 1KB
import_gff_gtf.Rd 855B
autoStopCluster.Rd 434B
sub_qtl_windows.Rd 790B
sub_qtlEnrich_geno.Rd 1KB
QTLenrich_plot.Rd 1KB
gtfGenes.Rd 745B
sub_genes_windows.Rd 807B
plot_overlapping.Rd 2KB
qtl_enrich.Rd 3KB
plot_qtl_info.Rd 1KB
overlapping_among_groups.Rd 1KB
sub_genes_markers.Rd 807B
splitQTL_comment.Rd 535B
data
gffQTLs.rda 966KB
gtfGenes.rda 235KB
QTLmarkers.rda 2KB
QTLwindows.rda 2KB
NAMESPACE 1KB
inst
CITATION 980B
doc
GALLO.html 2.13MB
GALLO.R 8KB
GALLO.Rmd 28KB
extdata
example.gff 463KB
vignettes
GALLO.Rmd 28KB
R
sub_qtls_markers.R 1KB
autoStopCluster.R 437B
overlapping_among_groups.R 2KB
plot_overlapping.R 2KB
QTLwindows.R 1KB
sub_genes_markers.R 1KB
sub_qtlEnrich_chrom.R 3KB
relationship_plot.R 4KB
QTLmarkers.R 968B
sub_qtlEnrich_geno.R 2KB
plot_qtl_info.R 3KB
qtl_enrich.R 4KB
import_gff_gtf.R 2KB
splitQTL_comment.R 3KB
sub_qtls_windows.R 1KB
sub_genes_windows.R 1KB
gffQTLs.R 723B
Global.R 161B
find_genes_qtls_around_markers.R 3KB
gtfGenes.R 666B
QTLenrich_plot.R 2KB
NEWS 918B
DESCRIPTION 2KB
README.md 4KB
MD5 3KB
build
vignette.rds 243B
partial.rdb 4KB
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李凜之
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