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LTS-A_Andersson_2010-MASCSEQ:长期支持项目“真核生物浮游生物的大规模和并行单细胞测序”存储库
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2021-03-19
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A_Andersson_2010-MASCSEQ 介绍 该存储库包含主要用于NBIS长期支持项目A_Andersson_2010的RNA序列分析的代码。 将分析两个RNA-seq文库: NGI ID 用户身份 生物 恐惧 > = Q30(%) P18363_101 Ph6B 三角骨检(硅藻) 207.86 95.02 P18363_103 氦气2B Heterocapsa sp。 (鞭毛藻) 158.81 95.94 设置 从文件创建一个conda环境: conda env create -f environment.yml
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LTS-A_Andersson_2010-MASCSEQ-main.zip (47个子文件)
LTS-A_Andersson_2010-MASCSEQ-main
.dockerignore 76B
envs
cutadapt.yml 112B
sortmerna.yml 72B
trinity.yml 113B
fastqc.yml 67B
transabyss.yml 103B
multiqc.yml 96B
results
README.md 378B
src
common.py 140B
Dockerfile 642B
scratch
README.md 343B
reports
common
logos
scilifelab-logo.jpg 99KB
nbis-logo.pdf 4KB
myunsrt.bst 18KB
references.bib 40KB
README.md 2KB
rmarkdown
report.html 854KB
environment.yml 163B
README.md 933B
report.Rmd 5KB
sweave
report.Rnw 8KB
environment.yml 185B
README.md 998B
report.pdf 366KB
doc
data-management
header.tex 603B
DMP.pdf 149KB
SciLifeLab-logo.jpg 99KB
bibliography.bib 996B
README.md 2KB
NBIS-logo.png 27KB
DMP.Rmd 6KB
README.md 722B
CONTRIBUTING.md 1KB
config
config_schema.yml 2KB
samples.csv 676B
config.yml 480B
cluster.yml 38B
environment.yml 136B
README.md 563B
slurm
slurm-status.py 2KB
slurm_utils.py 9KB
config.yaml 198B
slurm-submit.py 2KB
slurm-jobscript.sh 51B
Snakefile 8KB
data
README.md 471B
.gitignore 406B
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李凜之
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