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高飞
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2021-02-10
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更新:我最近做了一个快速更新。 我个人一直在使用GOPY来生成PDB文件,然后将其导入xleap / AmberTools。 对于氧化石墨烯(GO),环氧基包含两个碳原子,在GOPY中均使用相同的名称“ CY”。 我最近发现,给第二个使用不同的名称会更好,因此现在将第二个命名为“ CZ”。 如果您希望它们都为“ CY”,请更改代码或打开文本编辑器,然后将所有“ CZ”更改为“ CY”。 稍后,我将对此进行完善(检查错误等)。 我这样做是因为当我使用xleap时,我为石墨烯原子,COOH残基,环氧残基和羟基残基定义了一个lib文件,并且“ bondbydistance”命令以这种方式更好地工作。 如果您需要帮助,有任何疑问或正在寻求合作,请给我发 。 我愿意帮忙! 另外,请通过以下检查我的researchgate个人资料: : 。 !!!重要提示:如果您在第2377行遇到错误,请尝试添
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GOPY-master.zip (23个子文件)
GOPY-master
Examples
rGO_PEG_NH2
rGO_PEG_50x50.pdb 417KB
rGO_PEG_100x100.pdb 871KB
rGO_PEG_30x30.pdb 160KB
rGO_PEG_100x100_im.pdb 1.41MB
rGO_PEG_30x30_2.pdb 151KB
GO
GO_100x100_154_129_163_3321.pdb 388KB
rGO_100x100_176_352_352_2284.pdb 412KB
GO_30x30_19_34_38_248.pdb 44KB
GO_50x50_50_95_101_662.pdb 117KB
Ndoped
N_50x50_hole.pdb 66KB
N100x100_1.pdb 273KB
N0100.pdb 79KB
N0010.pdb 78KB
N_30x30.pdb 29KB
N1000.pdb 79KB
PG
PG_30x30.pdb 29KB
PG_100x100_im2.pdb 275KB
PG_100x100.pdb 304KB
PG_50x50.pdb 79KB
GOPY_COO.py 129KB
wast2.png 8.76MB
README.md 5KB
GOPY.py 130KB
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- 1
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李凜之
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