Cell Colony Edge:Cell Colony Edge ImageJ 宏和 CellProfiler 管道-开源

【Cell Colony Edge】是针对细胞团边缘检测的一个ImageJ宏工具，同时也支持使用CellProfiler管道。这个工具主要用于生命科学领域，特别是细胞生物学研究，帮助研究人员分析细胞培养图像，自动识别和轮廓化细胞团的边界。它是一个开源项目，意味着用户可以免费获取、使用并根据需要进行修改。 1. **ImageJ的安装与宏使用** 要运行Cell Colony Edge，首先需要下载和安装ImageJ，可以从官方网站`http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html`获取。安装完成后，将Cell_Colony_Edge.txt宏文件放在包含待处理图像的目录中。在ImageJ中启动宏，选择“Plugins” -> “Macros” -> “Run”，然后找到并打开宏文件。 2. **参数设置** 在弹出窗口中，输入比例值。如果已知单位像素值，可以选择“Unit”为像素或微米，并输入“Number of pixels/unit”。若比例未知，可保持默认设置0和像素单位。然后，按下“OK”继续。 3. **运行宏** 接下来，设置参数值，如是否需要减去背景。如果需要，选择“Subtract Background”选项，并手动输入参数值（参照附录C）。对于去除异常值的半径，通常设置为7。选择输入目录（只包含图像），然后选择输出目录保存处理后的图像。 4. **结果验证** 宏会处理所有文件并在输出目录中保存轮廓化的图像。使用ImageJ打开输出目录中的文件，检查细胞和细胞团的识别是否准确。如果需要从原始文件而非二值化处理文件中进行测量，参照附录A的指示修改宏，保存并重新运行。 5. **ImageJ GUI参数手动确定** 对于手动确定参数，首先打开图像，然后选择“Image” -> “Duplicate”创建副本。设置新图像的标题。接着，使用“Process” -> “Subtract Background”，尝试不同的预览设置，输入滚动球半径（接近物体平均直径），选择“light background”和“Separate”（如果图像是RGB）。再进行“Process” -> “Sharpen”和“Process” -> “Noise” -> “Remove Outliers 1”（如果需要），在这里调整去除异常值的参数，例如选择“Bright”作为哪一类异常值，以及设定半径来排除杂质和背景，保留细胞和细胞团。 6. **CellProfiler管道** CellProfiler是另一种用于细胞成像分析的强大工具，它可以自动化处理多张图像，提取定量信息。虽然这里没有详细描述如何使用CellProfiler，但可以推断，提供的CellProfiler管道与ImageJ宏类似，用于处理细胞团边缘，可能包括细胞和细胞团的分割、测量和分析。 Cell Colony Edge结合了ImageJ宏和CellProfiler管道，为科学家提供了一套便捷的工具，以自动分析细胞图像，特别是在细胞增殖研究中，能够有效地识别和追踪细胞团的边缘，进而帮助研究人员进行更深入的细胞行为研究。由于其开源性质，用户可以根据自己的需求定制和优化工具，进一步推动生物医学研究的发展。