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UrbanGrasslandAllergens:R代码和基本数据,用于分析柏林草原的致敏特性
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2021-04-19
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柏林草原的致敏特性 作者:Maud Bernard-Verdier合作者:Birgit Seitz,Sascha Buchholz,Ingo Kowarik和Jonathan Jeschke 该存储库包含代码和数据,以再现目前正在准备中的题为随着城市化和植物入侵而增加的草原中的过敏原的手稿中的分析。 该代码分析了德国柏林的56个干性酸性草原地块的变应原特性。 这项研究工作是由德国BMBF资助的BIBS项目“生物多样性的桥梁”的一部分。 数据 项目的原始数据位于data /文件夹中。 R脚本script / Import_all_data.R将导入,清理和格式化所有数据,并在clean data /文件夹中输出四个清理数据表。 这四个表的关联元数据也以.csv文件的形式提供。 干净的数据/ : * Species traits and allergenicity (species_al
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UrbanGrasslandAllergens-master.zip (69个子文件)
UrbanGrasslandAllergens-master
results
info.txt 96B
clean data
species_allergenicity_data.csv 58KB
species_abundance_data_metadata.csv 724B
species_abundance_data.csv 30KB
molecule_data.csv 133KB
Urban_Grassland_Allergens_data.Rdata 381KB
species_allergenicity_data_metadata.csv 4KB
environmental_factors_data.csv 5KB
molecule_data_metadata.csv 985B
environmental_factors_data_metadata.csv 2KB
scripts
utils
p2star.R 369B
add.stats.R 8KB
cor.print.R 2KB
MASTER Run analyses.R 3KB
Data import
import Cityscapelab data.R 5KB
extract molecules.R 26KB
import allergenicity data.R 12KB
Calculate BNI for BIBS.R 2KB
Illustration
Figures manuscript 1.0.R 29KB
Analyses
5a. Beta dissimilarity in species.R 10KB
1. ordination allergenics in allfam space.R 7KB
2b. Allergenic richness vs NOVELTY.R 5KB
test spatial autocorrelation.R 3KB
4c. ALLFAM diversity vs. NOVELTY.R 4KB
5b. Beta dissimilarity in molecules.R 16KB
3. Mean PAV analyses.R 8KB
6d. Monthly AllfamR with novelty.R 4KB
fit.allergen.glms.R 18KB
4b. Molecule diversity vs. NOVELTY.R 4KB
4a. Molecule diversity vs DIVERSITY.R 5KB
6a. Analyses temporal spectrum.R 10KB
6b. Monthly SRall with novelty.R 4KB
6c. Monthly AR with novelty.R 3KB
2a. Allergenic richness vs. DIVERSITY .R 4KB
Import_all_data.R 2KB
Data formatting
Temporal spectrum.R 42KB
molecules per plot.R 7KB
community allergenicity.R 18KB
Export formatted datatables.R 5KB
calculate PAV.R 5KB
family level comm.R 1KB
UrbanAllergensAnalyses.Rmd 29KB
README.md 1KB
data
uniprot data.csv 97KB
SDAP allergen database.csv 133KB
manual updates
Unassigned molecules.csv 7KB
manual_updates_allergen_families_Oct2020.csv 3KB
species_abundance_data.csv 32KB
Allergome molecules_2019.csv 59KB
grass allergens.csv 2KB
Urban_Grassland_Allergens_data.Rdata 2.94MB
formatted data
species_allergenicity.csv 108KB
allergen_molecule_summary.csv 50KB
allergen_species_by_molecule_matrix.csv 48KB
allergen_molecule_data.csv 157KB
environmental_factors_data.csv 8KB
species_flowering_months_April 2020.csv 14KB
Schittko et al. 2020
BNI_function.R 4KB
trait4.csv 32KB
abundance.csv 30KB
factor.csv 8KB
phenology.bootstrap.test.Rdata 2KB
WHO_IUIS allergen database 2019.csv 34KB
species_data.csv 121KB
Berlin map of 56 plots.png 1.51MB
Species allergenicity scores.csv 31KB
Allfam molecule database.csv 44KB
AllergenOnline_v19- September 2019.csv 271KB
.gitignore 262B
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HarfMoon
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