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拼接火花:从Spark集群上的重叠平铺图像重建大图像
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2021-02-14
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拼接火花 从高性能Spark集群上的重叠图像图块重建大型显微镜图像。 该代码基于斐济的Stitching插件 用法 1.构建包装 使用子模块克隆存储库: git clone --recursive https://github.com/saalfeldlab/stitching-spark.git 如果已经克隆了存储库,请在克隆后运行此操作以获取子模块: git submodule update --init --recursive 该应用程序可以在Janelia群集上或本地执行。 为所需的执行环境构建程序包: 编译以在Janelia群集上运行python build.py 编译以在本地计算机上运行python build-spark-local.py 用于启动应用程序的脚本位于startup-scripts/spark-janelia和startup-scripts/spar
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拼接火花:从Spark集群上的重叠平铺图像重建大图像 (250个子文件)
.gitignore 486B
.gitmodules 144B
SearchRadiusEstimatorTest.java 115KB
IlluminationCorrectionSliceParallel.java 98KB
IlluminationCorrectionSliceParallelShrinked.java 97KB
IlluminationCorrectionSlice.java 89KB
IlluminationCorrectionSpark.java 88KB
IlluminationCorrectionLocal.java 76KB
IlluminationCorrectionMap.java 67KB
IlluminationCorrectionHierarchical2D.java 58KB
PipelineStitchingStepExecutor.java 42KB
IlluminationCorrectionHierarchical3D_Spark.java 37KB
FusionPerformer.java 29KB
PairwiseStitchingPerformer.java 28KB
DeconvolutionSpark.java 27KB
PipelineIntensityCorrectionStepExecutor.java 26KB
PhaseCorrelation.java 24KB
AddMissingTiles.java 24KB
GlobalOptimizationPerformer.java 24KB
FlatfieldCorrection.java 22KB
HistogramsProvider.java 22KB
LoGTest.java 21KB
FlatfieldCorrectionSolver.java 20KB
PipelineMetadataStepExecutor.java 18KB
StitchingOptimizer.java 16KB
PipelineFusionStepExecutor.java 15KB
ResaveAsSmallerTilesSpark.java 15KB
TileOperations.java 14KB
ShiftedDownsamplingTest.java 13KB
Utils.java 13KB
ConvertCZITilesToN5Spark.java 13KB
ParseTilesImageList.java 13KB
ParseCZITilesMetadata.java 12KB
HistogramMatchingTest.java 11KB
ExportOverlaps.java 10KB
ConvertTIFFTilesToN5Spark.java 10KB
SearchRadiusEstimator.java 10KB
AmazonS3DataProvider.java 10KB
ThresholdEstimation.java 9KB
TiffSliceReader.java 9KB
GoogleCloudDataProvider.java 9KB
ShiftedDownsampling.java 8KB
FilterAdjacentShiftsMulti.java 8KB
ConvertTilesToN5Test.java 8KB
FilterAdjacentShifts.java 8KB
TracePairwiseShiftsForAllChannelsMulti.java 8KB
BlurTest.java 8KB
SerializableFinalInterval.java 8KB
AddMissingTilesMultichannel.java 7KB
TracePairwiseShiftsForAllChannels.java 7KB
ReferenceHistogramTest.java 7KB
StitchingArguments.java 7KB
EstimateErrors.java 7KB
RandomAccessiblePairNullable.java 7KB
TileSearchRadiusEstimator.java 7KB
HistogramsConversion.java 7KB
FixedTranslationAffineModel1D.java 7KB
FixedScalingAffineModel1D.java 6KB
StitchingJob.java 6KB
StackHistogram.java 6KB
BackgroundTilesFiltering.java 6KB
TilesPairwiseOverlapTest.java 6KB
FlatfieldCorrectionArguments.java 6KB
N5ToMIPsSpark.java 6KB
ErrorEllipse.java 6KB
LaplacianOfGaussian.java 6KB
FindWorstShift.java 5KB
DistanceFromOriginal.java 5KB
SearchRadius.java 5KB
N5ToSliceTiffSpark.java 5KB
CheckConnectedGraphs.java 5KB
FindPairwiseChanges.java 5KB
AddMissingTilesAverageShift.java 5KB
IntervalNeighborSearchTest.java 5KB
TiffSliceReaderBenchmark.java 5KB
FlatfieldCorrectedRandomAccessible.java 5KB
FilterOutliers.java 5KB
FilterTilesByGridCoordinates.java 4KB
TraceTimestamps.java 4KB
FSDataProvider.java 4KB
ResaveAsSmallerTilesTest.java 4KB
PhaseCorrelationPeak.java 4KB
TilesPairwiseCoverage.java 4KB
ExtractMiddleSlice.java 4KB
TracePairwiseShifts.java 4KB
PipelineExportStepExecutor.java 4KB
TilesCoverage.java 4KB
IndependentlyInterpolatedAffineModel1D.java 4KB
FilterTileConfiguration.java 4KB
Conversions.java 4KB
TileInfo.java 4KB
UnpivotSolutionTest.java 4KB
WrappedListImg.java 4KB
RandomizedAffineModel1DTest.java 4KB
HistogramMatching.java 4KB
DownsampleTest.java 3KB
IntervalNeighborSearchOnKDTree.java 3KB
CroppingTool.java 3KB
TrivialAffineModel1DTest.java 3KB
ValidateAllTiles.java 3KB
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thonxie
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