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garcia_and_lohmueller_2020:Garcia和Lohmueller 2020的剧本
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Garcia和Lohmueller 2020 Garcia和Lohmueller 2020的剧本 使用SLIM VCF计算Hrj 为了计算VCF的Hrj,我们使用了基于R的脚本,标题为:“ computing_hrj_slim.R”。 它们是功能get_configuration_table()所需的七个参数: variant_type(integer)=这是待分析的苗条中使用的突变类型。 在我们的模拟中,我们使用了三种突变类型(1 =非同义的,2 =同义的和3 =互基因的)。 要研究非同义突变,此参数应为1。 allele_count(整数)=这是要分析的样品中的等位基因计数。 为了研究doubleton(样本中出现两次的变量),参数应为2。 染色体(整数)=此值表示苗条模拟的染色体数。 对于苗条3,此值应为1。 recombinationRate(float)=要注释数据
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garcia_and_lohmueller_2020-master.zip (53个子文件)
garcia_and_lohmueller_2020-master
SI_Table_1
high_frequency_ld_recombination_rate_1e-09_all.rds.zip 5.44MB
high_frequency_ld_recombination_rate_1e-08_all.rds.zip 5.44MB
SI_Table_1.R 3KB
SI_Fig_8
SI_Fig_8.R 5KB
fig_1_updated
fig_1.R 3KB
constant_population_constant_selection_constant_dfe_doubletons_all_replicates_ld.csv.zip 6.93MB
fig_1_data.sh 88B
high_frequency
analyze_high_frequency_LD.R 3KB
SI_Fig_2_updated
fig_1.R 3KB
fig_1_data.sh 88B
simulation_scripts
model_3_simulation_scripts.csv 13.38MB
model_2_simulation_scripts.csv 13.51MB
SI_Fig_11
SI_Fig_11.R 2KB
LICENSE 34KB
fig_6_updated
matchedPhysicalBreaks50Data.rds 343KB
fig_6.R 9KB
ACFilteredLDWithGeneticDistanceJan18.RDS 526KB
fig_6_data.sh 264B
resamples_small_recomb_rates_ac_1_5_june_29_2019.rds.zip 7.84MB
fig_4_updated
fig_4_data.sh 440B
ceu_b_value_breaks_5_physical_breaks_200.rds 307KB
fig_4.R 3KB
YRI_b_value_breaks_5_physical_breaks_200.rds 984KB
MXL_b_value_breaks_5_physical_breaks_200.rds 833KB
chb_b_value_breaks_5_physical_breaks_200.rds 398KB
JPT_b_value_breaks_5_physical_breaks_200.rds 236KB
fig_5_updated
long_low_genotype_config.csv.zip 2.84MB
high_coverage_hg38_genotype_configuration.csv.zip 2.52MB
configuration_gravel_simulations_low_recomb_ac_1_2.rds.zip 3.06MB
fig_5_data.sh 176B
fig_5.R 5KB
computing_hrj_slim.R 3KB
SI_Fig_5_updated
SI_Fig_4.R 3KB
fig_3_updated
YRI_b_value_breaks_5_physical_breaks_200.rds 984KB
fig_3b.R 6KB
fig_3a.R 2KB
fig_3_data.sh 88B
measures_of_association_based_on_entropy.cpp 1KB
SI_Fig_7
SI_Fig_7.R 2KB
compute_frequency_filtered_LD.R 7KB
README.md 4KB
empirical_data
interpolate_genetic_distance_LD.py 3KB
functions_for_appending_bvalues.R 2KB
02_create_matched_LD_table.R 3KB
01_acquire_raw_data.R 5KB
create_matched_ld_table_functions.R 7KB
convert_physical_to_genetic.py 2KB
download_bvalues_hg19.sh 88B
SI_Fig_2
SI_Fig_2.R 1KB
fig_2_updated
configuration_gravel_simulations_average_recomb_ac_1_2.rds.zip 832KB
configuration_gravel_simulations_low_recomb_ac_1_2.rds.zip 3.06MB
fig_2_data.sh 176B
fig_2.R 8KB
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