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libssa:SIMD加速最佳序列比对的库
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2021-04-29
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利萨 介绍 libssa是用于SIMD加速最佳序列比对的库。 这个项目目前是我硕士论文的一部分。 其目的是提供用于将查询序列与序列数据库进行比对的功能。 这里的主要重点是: 使用Needleman-Wunsch算法优化全局序列比对 使用Smith-Waterman算法优化局部序列比对 使用多线程和SIMD指令加速对齐 小型公共API 本文的主要部分是展示AVX2指令集对加速最佳序列比对的好处。 与类似,是一组指令,可在现代CPU上提供SIMD(单指令,多数据)处理。 过去已经证明,使用SSE(TODO引用)可以大大提高速度。 AVX2通过SSE实现了更宽的寄存器:256位而不是128位。 假设是使用AVX2而不是SSE的速度快一倍。 局限性 错误退出 仍在进行中 libssa许可证和第三方许可证 libssa代码已获得GNU Affero通用公共许可证版本3的许可。 libssa
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libssa:SIMD加速最佳序列比对的库 (203个子文件)
02_04_2015_queries 32KB
04_04_2015_chunks 75KB
05_04_2015_chunks 35KB
06_04_2015_chunks 43KB
14_02_2015_whole_lib 5KB
18_02_2015_alignment_only 14KB
18_02_2015_whole_lib 17KB
19_02_2015_alignment_only 14KB
28_02_2015_chunks 226KB
30_03_2015_alignment_only 14KB
30_03_2015_threads 6KB
31_03_2015_pairwise 1KB
31_03_2015_threads 6KB
5S_rRNA 214B
aligner_cmp_NW_26_04_2015 2KB
aligner_cmp_SW_01_04_2015 3KB
aligner_cmp_SW_05_03_2015 3KB
matrices.c 26KB
test_searcher.c 25KB
search_simd_nw.c 17KB
util_sequence.c 15KB
search_simd_sw.c 14KB
test_libssa.c 13KB
test_query.c 13KB
debug_tools.c 11KB
search_8_util.c 11KB
search_16_util.c 10KB
test_db_adapter.c 10KB
cigar.c 9KB
query.c 8KB
test_util_sequence.c 8KB
test_bigger_databases.c 7KB
test_aligner.c 7KB
libssa.c 7KB
db_adapter.c 6KB
test_manager.c 6KB
manager.c 6KB
libssa_example.c 6KB
test_util.c 5KB
test_threadpool.c 5KB
align.c 5KB
aligner.c 5KB
test_8_simd_avx2_sw.c 5KB
searcher.c 4KB
test_matrices.c 4KB
search_8.c 4KB
test_cigar.c 4KB
test_8_simd_sse41_sw.c 4KB
test_search_64.c 4KB
test_16_simd_utilities.c 4KB
test_8_simd_utilities.c 4KB
test_16_simd_avx2_sw.c 4KB
test_16_simd_sse2_sw.c 4KB
search_16.c 4KB
generate_db.c 4KB
minheap.c 3KB
benchmark_util.c 3KB
test_16_simd_avx2_nw.c 3KB
test_16_simd_sse2_nw.c 3KB
test_8_simd_sse41_nw.c 3KB
test_8_simd_avx2_nw.c 3KB
benchmark_chunks.c 3KB
util.c 3KB
needleman_wunsch_64.c 3KB
test_minheap.c 3KB
benchmark_base_test_run.c 3KB
smith_waterman_63.c 3KB
benchmark_queries.c 2KB
test_smith_waterman_63.c 2KB
thread_pool.c 2KB
benchmark_pairwise.c 2KB
test_align.c 2KB
benchmark_threads.c 2KB
search_64.c 2KB
check_libssa.c 2KB
sdb_error.c 2KB
cpu_config.c 2KB
test_libssa_extern_db.c 1KB
test_cpu_config.c 1KB
AF091148.fas 224KB
AF091148_selection.fas 6KB
test_16_seq.fas 1KB
test.fas 927B
NP_009305.1.fas 608B
test2.fas 424B
short_AA.fas 193B
short_nuc_db.fas 111B
one_seq_db.fas 106B
one_seq.fas 90B
tmp.fas 44B
short_db.fas 40B
Rfam_11_0.fasta 81.23MB
P18080.fasta 642B
Q3ZAI3.fasta 525B
P19930.fasta 306B
O74807.fasta 242B
.gitignore 521B
.gitignore 342B
.gitignore 117B
.gitignore 113B
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